(三)对在本市按上述程序已办理免税证明表有关手续的外国公司，在居民身份证明有效期内又履行一项新合同或协议时，申请人应持《免征所得税证明表》或《免征营业税证明表》、《居民身份证明》复印件到国家税务局、地方税务局主管税务机关重新办理有关手续，经国家税务局、地方税务局主管税务机关确认，分别在《免征所得税证明表》复印件上加盖“北京市××国家税务局”公章、在《免征营业税证明表》复印件上加盖“北京市××地方税务局”公章并加注盖章日期后，申请人方可在我市办理支付运费的免税手续。
国家税务局、地方税务局主管税务机关应分别留存加盖公章及加注日期的《免征所得税证明表》复印件、《免征营业税证明表》复印件以及《居民身份证明》复印件备查。
七、开具免税证明的受理时限。
(一)接到申请人提供外国公司的授权委托书及《居民身份证明》等证明文件后，一站审核地国家税务局主管税务机关应自受理申请之日起七个工作日内经审核无误后发给《免征所得税证明表》。申请人提供委托书或《居民身份证明》等证明文件不符合规定要求的，一站审核地国家税务局主管税务机关应自受理申请之日起二个工作日内通知纳税人重新补办有关证明文件。
(二)申请人在其他地区税务机关办理一站审核后，到我市国家税务局、地方税务局主管税务机关申请办理免税证明的确认手续时，申请人出示一站审核地国家税务局主管税务机关开具的《免征所得税证明表》复印件或同一地地方税务局开具的《免征营业税证明表》和提交纳税人的《居民身份证明》等证明文件复印件清晰无误的，国家税务局、地方税务局主管税务机关应自受理申请之日起五个工作日内审核并分别在《免征所得税证明表》复印件上加盖“北京市××国家税务局”公章、在《免征营业税证明表》复印件加盖“北京市××地方税务局”公章和加注盖章日期。
申请人提供的免税证明有明显的涂改痕迹的，主管税务机关应当通过《免征所得税证明表》、《免征营业税证明表》上的经办人姓名和联系电话，核实免税证明的真实性，核实期间确认免税证明的主管税务机关可以适当延长受理时间，受理时间最长不得超过自受理申请之日起三十日内。
八、免税证明资料的审核
(一)一站审核地国家税务局主管税务机关负责以下免税证明资料审核：
1、纳税人委托扣缴义务人代理其办理免税事宜的委托书。确认申请人有权代理外国公司办理该项业务。
2、外国公司的居民身份证明(包括免税证明表第三栏的居民身份证明栏、外国有关税务当局另行出具的居民身份证明、外国航运主管部门出具的专业证明，以下简称居民身份证明)的真实性、合法性；审核“免税证明表”倒数第二栏“居民身份证明有效期”的时间(本栏由免税证明有效期改为居民身份证明有效期)，有效期不得超过三年(三年有效期按满36个月计算)。
3、外国公司从事国际运输业务的合同或协议、附属于国际运输业务的租赁合同。
4、查核相关国家的协定或协议，确认相关协定或协议中有减免所得税的条款。
(二)确认免税证明的主管税务机关负责以下资料审核：
1、审核申请人出示的《免征所得税证明表》、《免征营业税证明表》复印件有无涂改痕迹。
2、审核居民身份证明的开具日期和居民身份证明是否已经使用过，即加盖过“免征所得税证明开出”章。
九、居民身份证明文件的内容和主要形式
(一)《国税发[2002]107号通知》第一条第三款所称合法有效的居民身份证明文件应当包括四项内容：证明其为缔约国(地区)的居民；企业所从事的业务性质；距开具日期不超过三年；没有加盖“免征所得税证明开出”、“免征营业税证明开出”章。
居民身份证明所用语言为英语以外的其他语种时，应附中文译文，并由申请人盖章确认。
(二)居民身份证明的主要形式
1、与我国签订有相关协定或协议的国家的居民公司
(1)由外国公司为其居民的缔约国(地区)的主管税务机关填写《免征所得税证明表》第三栏《居民身份证明栏》，签字并盖章。
(2)由外国公司为其居民的缔约国(地区)的主管税务机关另行开具《居民身份证明》，并签字或盖章。
(3)由外国公司为其居民的缔约国(地区)的航运主管部门出具的专业证明，并签字或盖章。
2、香港居民公司
(1)商业登记核证本。香港居民公司申请享受《内地与香港避免双重征税的安排》时，应提供由香港税务局商业登记署出具的《商业登记核证本》。该商业登记核证本与居民身份证明具有同等效力，内容包括公司的注册登记地、业务性质等，最后一页为商业登记署的核证部分。无特殊需要，不再要求香港公司提供《居民身份证明》。
(2)商业登记核证本的识别认证方法
①核证本共四页，其中前三页为企业注册登记时的原始资料。由于登记资料改版的缘故，所以纳税人提供的核证本前三页可能与总局下发的核证本(式样)前三页资料的格式有所不同。但第四页是商业登记署的核证部分，纳税人提供的该页应与总局下发的式样第四页相同。
②登记部分分成A部和B部，A部注明企业的注册地：1为在香港登记注册的企业，2和3为在香港以外国家或地区登记注册的企业。只有在香港登记注册的企业才可以享受《内地与香港避免双重征税的安排》。B部注明企业的业务性质，只有以船舶从事运输业务的企业才可以享受《内地与香港避免双重征税的安排》中的免税条款。从事国际运输代理的企业不能享受这一条款。
③第四页核证部分的企业登记注册号码应与第一页的商业登记号码及条纹码的号码相同，第一页的号码及条纹码比核证部分的号码多出三位(最后三位)，这三位号码表示企业是总机构或分支机构。
④第四页的核证部分有主办人签名。
⑤核证本全部四页文件用带有香港税务局标志(R)的专用稿纸以电脑打印完成。稿纸最下方的香港税务局标志(R)及商业登记署中英文为棕褐色。
十、开出《免征所得税证明表》的一站审核地国家税务局主管税务机关或确认《免征所得税证明表》的国家税务局主管税务机关，按季分别将开出或确认的《免征所得税证明表》、外国公司居民身份证明等资料复印件一式二份于季度终了后10日内上报市国家税务局局涉外处。
开出《免征营业税证明表》的一站审核地的地方税务局或确认《免征营业税证明表》的地方税务局，按季分别将开出或确认的《免征营业税证明表》、外国公司居民身份证明材料复印件一式二份于季度终了后 8日内报市地方税务局法制处。
十一、开出《免征所得税证明表》的一站审核地国家税务局主管税务机关，负责对纳税人的跟踪检查工作，应当不定期地通过国际税收情报交换等渠道对重点申请人提供的免税申请材料进行详细核查，发现纳税人提供的证明文件不真实，不符合免税条件(如不是对方国家居民或不属于运输企业)而已经免税放行，或有买卖、转让或转借免税证明等违规行为的，除对不该免税的公司追缴税款并按《征管法》第六十三条的规定进行处罚外，还应对买卖、转让或转借免税证明的外国公司进行处罚。并将违规公司情况层报市局涉外处。
