(一)自查为主。治理整顿工作实行上下联动、自查为主。治理整顿工作的基础是市、县两级的自查自纠，上级部门应加强对下级部门治理整顿工作的督查和指导。
(二)突出重点。治理整顿中进行依法行政教育，重点是领导机关和管理机关；开展自查自纠，重点是制度不落实、管理不到位问题；查处非法占地、非法入市，重点是查处违规设立园区、擅自协议圈占集体土地和擅自利用集体土地、划拨土地进行经营性房地产开发的行为。
(三)重在整改。针对土地市场秩序中存在的问题，要立足于从管理上查找原因，举一反三，制定整改措施。对尚未建立管理制度的，要限期建立；对制度不落实、管理不到位的，要研究落实措施；对来自外部不适当干预的，要通过法制宣传、建立公开透明的办事程序和集体决策制度，提高抵制不适当干预的能力。
(四)区别对待。对治理整顿中发现的问题必须主动纠正，对不主动自查自纠，通过上级抽查或群众举报发现的问题，依法从严处理。属于新《
土地管理法》实施前发生的历史遗留问题，要本着尊重历史的精神，抓紧处理；属于工作中的问题，凡是进行自查自纠的，以后不再作为问题提出；属于违法的问题，只要是主动自查自纠的，可以依法从轻处理。对有令不行、有禁不止，甚至执法犯法，为不法分子大开方便之门的，要依法严肃查处，并追究领导责任，触犯刑律的，移送司法机关依法处理。
四、范围和主要内容
治理整顿的范围：新《
土地管理法》实施以来，土地管理和土地交易、使用情况。凡未经处理和尚未终止的非法占地、非法入市行为，不以上述时间为限，均纳入治理整顿范围。
治理整顿的主要内容：
(一)各类园区用地。主要是违反土地利用总体规划和城市规划设立各种名目的园区(城、村)及园区用地中存在的非法占地、越权批地、违法供地等问题。
(二)非法圈占集体土地。主要是单位和个人擅自与乡、村、组签订“征地”、占地协议而圈占土地问题。
(三)违法违规交易。主要是违反《
招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》供地和擅自利用划拨土地、集体土地进行经营性房地产开发问题。
