2003年－2005年是本市第二轮环境保护和建设“三年行动计划”的实施阶段。在继续推进水、大气环境治理、绿化建设、固体废物处置利用和工业区环境综合治理的同时，要把农业生态环境保护与治理纳入重点推进领域。
（一）指导思想
高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻“三个代表”重要思想，认真落实党的十六大和市第八次党代会精神，以可持续发展为主题，以提高城市综合竞争力为主线，以改善城市生态环境质量、保护市民身体健康为根本出发点，树立“环境优先、持续发展、绿色文明”的理念，坚持“谁开发、谁保护，谁污染、谁治理，谁制造、谁回用，谁使用、谁付费”的原则，通过高起点规划、高标准防治、高强度建设、高水平管理，依托体制改革、机制和政策创新，进一步深化水、大气环境治理和重点地区的环境整治，继续大规模推进绿化建设，基本形成符合现代化国际大都市生态要求的中心城区绿地系统，着力提高固体废物处置和利用的水平，启动郊区农业生态环境保护和建设，全面推动上海经济、社会和环境的协调发展。
（二）总体目标
不断创新、完善环境管理的体制与机制，逐步建立起与国际惯例接轨的管理体系。到2005年，本市总体环境质量处于全国大城市先进水平，水清岸洁，空气优良，建成国家园林城市，成为国际国内适宜生活居住的城市之一，为上海率先基本实现现代化和承办2010年世博会，奠定良好的环境基础。主要指标：
--中心城区河道基本消除黑臭，全市城市污水集中处理率提高到70%以上，日处理能力达到480万立方米。
--空气环境质量指数二级和优于二级的天数稳定在85%以上，力争达到90%。
--中心城区全面推行生活垃圾分类收集，郊区基本建成生活垃圾集中收集和处置系统，危险废物实现全过程管理和无害化处置。
--基本形成以“环、楔、廊、园、林”为特征的绿化布局框架。中心城区绿化覆盖率达到37%以上，人均公共绿地面积增加至11平方米；郊区森林覆盖率提高到20%以上。
--亩均化肥年施用量减少15%以上，亩均农药年施用量减少20%，畜禽污染负荷大幅削减，逐步改善农业生态环境。
--工业污染综合治理有新的进展。全市工业企业全面达到国家和本市规定的排放标准，吴淞地区环境质量全面达到功能区标准，桃浦地区实现从化工工业区向都市型工业园区的根本性转变，吴泾地区环境质量有较明显的改善。
第二部分 重点领域行动目标与措施
三、水环境治理
（一）实施原则
按照“以治水为中心，以治源为重点，全面规划，远近结合，分步实施”的方针，以苏州河环境综合整治为标志，带动全市河道整治，切实保护和改善饮用水源地水质。根据“提高污水收集率、污水处理率和治污设施利用率”的要求，加快污水收集管网、污水处理厂建设，大幅度提高污水收集率和处理率，削减污染物排放总量。坚持严格管理和科学管理相结合，建立健全适应市场经济的治理机制和长效管理机制，稳步改善全市水环境质量。
（二）行动目标
到2005年，中心城区河道基本消除黑臭；郊区主要河道实现“面清、岸洁、有绿、畅流、水净”，水质恶化趋势得到遏止。苏州河、黄浦江水质进一步改善，水生生物种类增加，两岸建成一批具有休闲、旅游等功能的水观景点；确保黄浦江上游和长江口水源地水质安全。全市基本达到国家或地方规定标准的城市污水集中处理率提高到70％以上。全市化学耗氧量排放量比2000年削减30%以上，氨氮削减15%以上。
（三）主要措施
1、以截污治污和生态建设为中心，推进和完成苏州河综合整治二期工程。2005年，苏州河干流水质基本稳定达到景观用水标准。为实现这一目标，主要采取四大措施：
(1)截污治污。
(2)综合调水。
(3)底泥疏浚。
(4)两岸整治与开发。
2、大规模建设污水处理厂，完善污水收集系统。
(1)加快推进城市大型污水处理厂建设。
2005年，建成竹园、白龙港两座大型污水处理厂，处理能力分别为170万立方米/天和120万立方米/天。
按规划，高标准建设一座日处理能力50万立方米的二级污水处理厂，使之成为上海污水处理的一项标志性示范工程。
(2)加快建设郊区中、小污水处理厂。新建海港新城、上海化工区、徐泾、安亭、奉城、城桥镇污水处理厂和金山、奉贤、南汇排海管道末端污水处理设施（不包括黄浦江上游地区），新增污水处理能力31.5万立方米/天。
扩建金山石化、嘉定2座污水处理厂，新增污水处理能力10万立方米/天。
(3)加快污水收集系统建设。到2005年，基本建成污水治理三期的总管和收集系统，以及闵行区春元昆地区、宝山西城区、浦江镇、高桥镇及吴淞工业区污水收集系统。同时，结合污水处理厂建设，同步配套建设总管、干管和支管系统，提高污水处理厂和外排系统设施的利用率。
3、进一步加大水源保护力度。
(1)建成朱家角、枫泾、大昆、九亭、泖港、商榻、金泽、西岑、兴塔等9座污水处理厂，新增污水处理能力14.9万立方米/天。
