水库管理单位负责水库安全管理的日常工作。无专门管理机构的小型水库，水库主管部门或所有者（业主）应根据实际情况，采取有效的管理方式，确定兼职或专职管理人员，将安全管理工作落到实处。
三、健全小型水库安全管理机构
小（一）型水库和对村镇、交通干线、军事设施、工矿校区等人口集中区安全有重要影响的重点小（二）型水库，必须确定管理机构和专职管理人员。其它小（二）型水库可根据实际需要，或建立管理单位，或指派专职管理人员。要加强对小型水库管理人员培训力度，提高管理人员素质，逐步实行小型水库专职管理人员持证上岗制度。
要采取措施筹措小型水库管理经费。核定小型水库的供水成本，加大水价改革力度，探索有效的水费收取方式，努力为水价及水费征收足额到位创造条件。国家所有的水库，水费收入不能满足管理经费需要的，同级财政应视财力给予适当补助；其他水库可通过财政补助、受益者集资、推行租赁承包等管理方式，拓宽管经费渠道。
四、加强小型水库安全检查
积极推行小型水库安全年度检查制度。水库主管部门或所有者（业主）每年汛前应组织有关专业技术人员对所管辖的小型水库逐库进行年度安全检查，提出检查报告，及时报送同级水行政主管部门。对查出有安全隐患的小型水库，水库所有者要限期处理，将处理方案和处理结果报送当地水行政主管部门和人民政府备案。各级水行政主管部门应对检查情况进行抽查。
要坚持大坝安全鉴定和注册登记制度。小型水库大坝安全由市、州水行政主管部门组织鉴定，鉴定结果和安全鉴定报告报省水行政主管部门审查备案。小型水库大坝由市、州水行政主管部门负责登记，登记结果应进行汇编、建档，并报省水行政主管部门汇总。
小型水库管理单位要加强工程巡查和维修养护，应对工程设施做好现场巡查、观测和维修养护工作。小型水库应具备基本的观测、监测设施。
有防洪任务的小型水库，县级水行政主管部门每年汛前应组织水库所有者编制防洪预案，并严格按管理权限报批和监督实施。存在安全隐患的小型水库，在未除险加固之前，水库主管部门或所有者（业主）每年汛前应根据水库病险情况，降低水位或空库运行，严禁带病、带险按原标准运行。
各地要积极推行水库降等运行与报废制度。对因淤积等各种原因导致功能衰减的小型水库，要重新复核水库的经济技术指标，符合降等运行或报废条件的，要坚决予以降等或报废，有关部门及所有者应按有关规定履行报批手续，并做好善后处理工作。
