三、整治目标
根据省委、省政府提出的珠江整治“一年初见成效、三年不黑不臭、八年江水变清”的总目标，结合我市实际，重点对深圳、西丽、铁岗、石岩水库等主要供水水源以及观澜河、龙岗河、坪山河、深圳河等主要河流进行综合整治，通过进一步加快环境基础设施建设、优化生态环境以及加强水环境管理，加大整治力度，使我市的水环境质量逐步改善，在2010年前全面达到环境功能要求。
到2003年底，龙岗河、坪山河基本达到农业用水要求，观澜河、深圳河及深圳、西丽、铁岗、石岩水库污染趋势得到有效遏制，综合整治工作初见成效。
到2005年，全市水环境质量有明显改善，主要饮用水源水质满足功能要求；龙岗河、坪山河基本达到Ⅳ类水质标准，深圳河及其主要支流布吉河、福田河、新洲河的水质基本达到景观用水要求，成为市民滨水赏景的场所。工业废水排放达标率达到95％以上；城市生活污水处理率达到60％以上，其中特区内达到80％以上，污水管网系统基本完善，特区外达到40％以上，主要污水管网基本建成。
到2010年，主要地表水和近岸海域水质达到环境功能区要求，观澜河、龙岗河、坪山河基本达到Ⅲ类水质标准，深圳河水质明显好转。城市生活污水处理率达到70％以上，工业废水排放达标率达到98％以上。全市生态环境质量得到明显改善，水源清洁，河、海生态环境优美，生态功能健全。
四、整治责任
为加强我市珠江流域的水环境综合整治工作和开展相关考核，特将各有关单位在水环境综合整治工作中的职责明确如下：
市环境保护局在市政府的领导下，协调、检查珠江流域水环境综合整治工作，负责全市工业污染源的监督管理，实施污染物排放总量控制，编制重点流域水污染防治规划及做好有关技术服务工作。
市发展计划局负责将水环境综合整治工作纳入国民经济和社会发展总体计划，在基本建设投资计划中优先安排珠江流域水环境综合整治项目。
市经济贸易局负责组织拟定和实施产业政策，制定淘汰不符合国家产业政策的企业、工艺和产业目录，推进产业结构的优化升级，促进企业实行清洁生产和开展全面达标排放工作，加强禁止含磷洗涤剂生产、销售、使用的工作。
市财政局负责协调落实珠江流域水环境综合整治资金，督促各区将环境基础设施项目的配套建设资金及时拨付到位。
市建设局(建筑工务局)负责组织和督促特区内生活污水、生活垃圾处理设施及市政污水收集管网的建设、改造和完善工作。
市规划与国土资源局负责调整和完善市政污水系统布局规划，加强对水源保护区土地的控制和管理，组织对建设项目雨水、污水接管的规划验收。
市水务局负责组织安排河道整治、清淤工程及河道管理范围内的垃圾清理工作，加强水土流失治理，合理调配河流生态用水。
深圳海事局负责组织安排深圳湾及珠江口(深圳)海域漂浮垃圾的清理工作。
市城市管理办公室负责在全市范围内实行排水许可制度，监管全市排水设施和环卫设施的运营，监督生活垃圾、余泥渣土的倾倒，组织清理特区内的违法畜禽养殖场点，加强对特区内雨水、污水接管的管理和纠错工作，会同规划部门对建设项目的雨水、污水接管进行验收。
市农林渔业局(绿委办)负责组织编制和实施全市生态公益林规划，加强农药、化肥及畜禽废物等农业面源的污染防治工作，加大对毁林种果、陡坡种果及滩涂养殖的管理和执法力度。
