保护区管理处应当制定与鸟类资源和自然环境保护有关的保护区年度控制计划，报市农林局批准后实施，并报市环保局备案。
第七条 (保护区功能区域的划分)
根据鸟类栖息地管理的不同要求，保护区划分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区域。
临海人工围堤以外的海三棱藨草带、盐渍藻类光泥滩以及吴淞高程零米线外侧一定水域，为白头鹤、小天鹅等珍禽以及迁徙水鸟集聚及其赖以生存的天然湿地，划为核心区。
临海人工围堤至海三棱藨草带内侧的一定区域，为迁徙鸟类经常觅食和活动区域，划为缓冲区。
保护区内除核心区、缓冲区以外的其他区域，划为实验区。
第八条 (保护区及区内功能区域范围的调整)
保护区及区内功能区域范围的调整，应当根据滩涂淤涨和植被演替等造成鸟类栖息地变化的实际情况，由市农林局会同崇明县政府及相关行政管理部门提出方案，经自然保护区评审委员会评审后，由市环保局进行协调，提出审批建议，报市政府批准并予以公布。
第九条 (界标的设置)
市农林局应当按照市政府批准并公布的保护区及区内功能区域范围，在保护区内各功能区域边界的显著位置，设置区域界标。
第十条 (保护区生产活动和设施的管理)
核心区和缓冲区内不得建设任何生产设施。
实验区内不得建设污染环境、破坏资源的生产设施。已建成的设施，其污染物排放应当低于国家和本市规定的排放标准。
第十一条 （进入保护区的人员控制）
核心区、缓冲区的人员进入，实行数量控制。
每年9月至翌年4月的鸟类迁徙高峰期，保护区管理处对核心区、缓冲区采取封区管理措施，除科研人员和必需进入的相关管理人员外，禁止任何人员进入核心区和缓冲区。
保护区管理处应当根据批准的年度控制计划，确定鸟类迁徙高峰期和非迁徙高峰期每日进入核心区、缓冲区的人员数量，报市农林局批准后，于每年8月上旬公布。
第十二条 （进入保护区进行科研教学活动的管理）
凡需在核心区内从事科学研究观测、调查或者在缓冲区内从事科学研究、教学实习和标本采集活动的，应当事先向保护区管理处提交书面申请；境外组织或者个人进入保护区从事科学研究的，应当向市农林局提出书面申请。书面申请包括以下内容：
