第十七条 自治区发展计划委员会负责退牧还草工程总体规划、年度计划的编制和实施方案的审核、汇总、综合平衡、上报与下达。
自治区财政厅负责退牧还草工程饲料粮补助资金的下达和监管。
自治区畜牧业厅负责组织退牧还草工程实施方案编制，指导退牧还草工程实施，并对工程建设情况进行监督检查。
自治区粮食局负责制定全区退牧还草工程饲料粮供应暂行办法，负责指导全区退牧还草工程饲料粮的协调、调运和发放工作，并对全区的饲料粮供应工作进行监督检查。
自治区审计厅负责制定退牧还草工程建设资金审计办法，审计工程建设和财务管理情况。
内蒙古畜牧科学院负责全区退牧还草技术操作规程、验收办法等技术性文件编制工作，负责退牧还草工程技术指导、技术培训、技术咨询、技术服务等技术支撑工作，负责收集、整理、汇总、上报、反馈工程建设进展情况和有关信息，协助自治区有关部门对工程建设进行指导、监督和检查。
第十八条 盟市负责协调落实自治区下达的退牧还草工程任务，审核旗县实施方案，总结和上报本地区退牧还草工程进展情况，对各旗县退牧还草工程进行指导、监督和检查。
第十九条 旗县人民政府对本旗县退牧还草工程负总责，组织编制本旗县退牧还草工程规划和实施方案，落实退牧还草工程目标、任务、责任、资金、饲料粮等方面工作，保证上级拨付的饲料粮和围栏费按时足额到位，组织苏木乡镇完成退牧还草任务；协调解决本旗县退牧还草工程实施过程中遇到的困难和问题；建立退牧还草工程目标管理责任制，制定相关管理办法和规章制度；加强旗县及苏木乡镇草原监理队伍建设，做好退牧草场监管工作；加强旗县及苏木乡镇技术服务组织和队伍建设，做好技术支撑工作。
第二十条 苏木乡镇人民政府对退牧还草工程的任务完成和建设质量负直接责任。苏木乡镇人民政府负责贯彻落实上级退牧还草有关政策、制度和办法，组织发动群众积极开展退牧还草工程建设；根据上级批准的退牧还草工程任务，合理确定退牧范围，协助旗县畜牧主管部门与退牧户签订退牧还草合同，把退牧还草任务落实到户。
第二十一条 嘎查村、牧户必须按照与所在旗县畜牧部门签订的退牧还草合同以及自治区、盟市、旗县制定的标准、方案、制度和有关要求，在规定时间内完成草场围封，按规定模式进行退牧。
