财政资金拨付必须坚持按年度预算拨款、按用款计划拨款、按项目进度拨款和按规定程序拨款的“四按原则”。
财政直接支付程序。预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向财政国库支付中心提出支付申请，财政国库支付中心根据批复的部门预算和资金使用计划及相关要求对支付申请审核无误后，向代理银行发出支付令，并通知中国人民银行深圳市中心支行国库部门，通过代理银行进入银行清算系统实时清算，财政资金从国库单一账户划拨到收款人(或用款单位)的银行账户。
财政授权支付程序。预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向财政国库支付中心申请授权支付的月度用款限额，财政国库支付中心将批准后的限额通知代理银行和预算单位，并通知中国人民银行深圳市中心支行国库处。预算单位在月度用款限额内，自行开具支付令，通过代理银行向收款人付款，并与国库单一账户清算。
2．规范预算外支出拨付程序。
分两个阶段进行规范：第一阶段，在依托新的收入收缴技术系统的基础上，市财政部门将资金仍拨付到预算单位的账上；第二阶段，条件成熟时，比照预算内资金拨付管理办法，根据支出管理需要区分支出类别，在遵循“四按原则”的基础上，按支出类别分别实行财政直接支付和财政授权支付。
三、财政国库管理制度改革的配套措施
建立以国库单一帐户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度，是对财政资金的账户配置和收支缴拨方式的根本性变革，是一项十分庞大和复杂的系统工程，各方面工作需要配套推进。
(一)进一步深化部门预算改革。一是要根据中央财政的统一部署，改革政府收支分类，科学地反映各类财政收支活动，细化预算编制，使分配给部门的预算指标能够根据支出管理的需要，按新的类别进行划分，逐步使所有财政资金的支付建立在明晰的预算基础上，为顺利实施国库单一账户制度创造条件。二是要建立和完善项目预算管理，尽快建立完整的部门预算管理体系；进一步扩大对专项支出实行项目预算管理的覆盖面，取消资金切块管理的做法。
(二)修订和制定相关法律法规和管理办法。一是国家修订和制定相关法律法规和管理办法，特别是对改革中新出现的关于国库支票管理、国库存款计息、代理银行手续费等问题出台新办法之后，我市将相应贯彻执行；二是要根据改革的需要和地方实际，制定关于国库收入管理办法、收入退库管理办法、财政资金支付管理办法、会计核算办法、财政资金银行支付清算办法，为改革提供法律保障；三是要抓好清理预算单位银行账户的工作，规范银行账户管理。
