第十七条 征收的排污费的８０％作为污染源治理补助资金和污染源治理专项基金。其各占的比例及使用方法，按国务院和省人民政府的有关规定执行。污染源治理补助资金主要用于补助交费单位集中治理污染源；污染源治理专项基金集中用于重点污染源治理项目、"三废"综合利用项目、污染源治理示范工程和因解决污染实行并、转、迁的企业污染源治理。
征收的排污费的２０％及提高征收标准收费、加倍收费和滞纳金收入，作为业务经费补助资金由环保部门掌握。业务经费补助资金主要用于环保部门的环境监测、监理业务活动补助，区域的综合性污染防治、示范科研补助等业务性开支，不得用于建办公楼、宿舍和非业务项目等与环境保护无直接关系的开支。
第十八条 各级环保部门征收的排污费和提高征收标准收费、加倍收费、滞纳金，应当先缴入其设立的缴款专户，于征收当月终了后１０日内，分别缴入同级财政，全部纳入预算内管理，不得拖欠和截留。
第十九条 各级财政部门和环保部门应当缩短缴库资金的滞留期，提高其利用率。由财政部门于每季终了后１０日内，根据同级环保部门的申请，将缴库资金一次划入同级环保部门在银行开立的"环保补助资金"专户。
第二十条 本办法第十七条所列资（基）金的使用，必须严格执行专款专用、先收后用、量入为出的原则，由各级环保部门会同同级财政部门按规定的使用范围，统筹编制年度使用计划，并分别报上一级环保部门和财政部门。对要求动用资（基）金但不符合规定的，环保部门不列入计划，财政部门应拒绝拨款。
资（基）金年度使用计划一经下达，必须严格执行，不得超支、挪用，年终如有节余，可结转下年使用。
第二十一条 上级环保部门应当会同同级财政、审计部门对下级环保部门的资（基）金年度使用计划的执行情况进行检查，对挤占、挪用资（基）金的，上级环保、财政、审计部门有权责令其停止使用，收回资（基）金，并严肃查处，追究有关人员的行政责任。
第二十二条 排污单位治理污染所需的资金不足时，可在报请主管部门审查同意后，按管理权限向环保部门申请污染源治理补助资金或污染源治理专项基金。
