——高等学校主动适应社会变革需要的自我发展、自我调整的专业管理机制有待形成，在专业设置上带有一定的随意性和盲目性，存在低水平重复设置建设的问题。一些学校重专业外延发展，轻专业内涵建设，学科专业之间互相交叉渗透、综合提高、整合资源的机制尚不健全。一些专业招生规模过大、优质教育资源缺乏、办学条件差、建设水平低、培养质量不高。自主设置专业的意识和要求高，自我约束的意识不够，监督检查和质量监控机制远没有形成。
——自治区未来发展急需的高新技术类专业人才，高层次经营管理人才供给不足；面向地方经济建设的应用性人才培养薄弱；新兴、边缘、交叉学科专业的建设和发展重组不够；人才培养模式单一，不能满足社会对人才多样化的需求。高职高专专业技术内涵不足，支撑技术技能的课程匮乏，实践教学体系有待完善。
——高等学校缺乏必要的学科专业结构调整的经费。学科专业结构调整客观上需要一定的周期和一定的经费支持，如同企业技改产品研发调整一样。一方面要对教育资源调整整合，另一方面也要注入新的资源，特别是新的学科专业生长和传统专业改造需要一定的投入。经费的紧缺，高校学科专业建设调整缓慢，滞后于社会需求。二十世纪九十年代以来，对高等学校的学科专业建设投入严重不足。
二、进一步做好学科专业结构调整，努力构建自治区高等教育新的学科专业和人才培养结构体系
学科专业自身有一个成熟期，而社会对人才的需求复杂多样，变化迅速。学科专业建设调整不能一蹴而就，它是一个动态的过程。自治区经济社会发展正处在一个关键的历史时期。西部大开发战略和“科教兴新”战略的实施，需要大批高素质的各类专门人才。一方面要解决当前急需的人才问题，另一方面也要有人才的战略性储备。高等教育任重道远。必须从加入WTO和新疆发展全局的战略高度，切实做好新一轮学科专业结构调整，这是时代赋予高等教育的历史责任，也是我区高等教育发展的当务之急。
——新一轮学科专业结构调整的原则和目标是：坚持解放思想，实事求是，具有鲜明时代特征、具有全局性、战略性，以主动适应自治区经济结构战略性调整、人才市场需求和提高竞争能力的需要为出发点，以发展高新技术类学科专业和应用型学科专业为重点，全面促进高等学校主动适应自治区经济社会发展对人才培养提出的新要求。通过学科专业结构调整和深化教学改革，努力形成与自治区经济、科技和社会发展相适应的高等教育学科专业和人才培养结构，形成与社会主义市场经济体制相适应的学科专业调整机制，促进我区高等教育的更好发展，不断满足经济社会发展对高等教育事业的总体要求，满足人民群众和社会各界对高等教育发展的迫切要求。
——新一轮学科专业结构调整在指导思想上要打破传统计划经济体制惯性的束缚，特别是打破“政府包办学，政府包就业”的传统思想，面对社会主义市场经济体制的社会经济背景，切实实现办学思想、办学模式的转型，加入WTO，教育市场将逐步开放，高等学校要增强竞争意识、转变观念、加速发展。针对区域经济的发展，真正履行高等教育自身的职责，发挥自身的社会功能，主动增强为经济建设中心服务的意识，认真处理好当前急需和长远需要的关系，进一步提高高等教育为自治区经济社会发展服务的主动性。
