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——适应经济社会的发展，调整学科专业结构。市场经济的发展和科技的进步，推动了产业结构的调整，人才需求也随之发生了结构性变化。1997年，自治区教育行政部门组织力量对全区高等学校的专业设置进行了普查，提出了《自治区普通高等学校专业设置现状报告》，系统分析了专业设置状况，提出了专业设置、结构调整、质量建设的较为全面的意见，主要任务是清理专业，拓宽本科专业口径。按照“宽口径、厚基础、高素质”的原则，完成新旧专业的对应归类，完成本科专业数的核定。本科专业目录由142种，调整压缩为117种。核定区属高校本科专业种数为98种，专业布点数为178个。在专业清理和总数核定的基础上，规划专业发展方向，开展调整后专业的质量建设，有效遏制本科专业布点的盲目扩张，遏制重复建设。
——适应高等教育深化改革，调整学科专业结构。“九·五”期间，高等教育管理体制改革，开展高等学校布局结构调整，原新疆大学与原新疆工学院合并成立新的新疆大学，原石河子农学院和医学院、原兵师专和兵经专四校合并成立石河子大学，原新疆医学院和中医学院合并成立新疆医科大学，新疆财经学院与新疆经济管理干部学院合并组成新的财经学院，昌吉师范专科学校与昌吉成人教育学院合并组建昌吉学院，新疆司法管理干部学院改制为新疆警官高等专科学校。这些高校在合并组建和改制过程中，将原有的学科设置和本专科专业打通，重新制定学科专业发展规划，优化配置教育资源，系统地集成了各自新的学科专业体系。
——适应高等教育发展新的形势，调整学科专业结构。1999年，高等学校实施扩招，原有的本科专业种数和专业布点数已不能负载。2000年，国家实施西部大开发战略。自治区教育行政部门积极引导，组织高等学校适应高等教育发展的新形势，适时调整本科专业设置和学科发展方向。从1999至2002年，较大规模地新增了本科专业23种，新增专业布点数为92个，主要为电子信息类、工程技术类、医学、环保、旅游、外语和公共事业管理类等社会急需的专业。截止到2002年7月，自治区普通高校本科专业有121种，分别隶属于10大学科门类52个一级学科。经调整，使一级学科由1998年的44个增加到52个，工科专业的比例由1998年的17%增加到27.27%，农学由6%增加到9.92%，医学由8%增加到10.74%，管理学由6%增加到9.09%，理学由15%下降到11.57%，经济学由6%下降到3.31%，文学由20%下降到19.01%。普通高校本科专业布点数为270个。
——大力发展高等职业教育，调整专科专业结构。1997至1998年在整理调整本科专业的同时，控制专科专业乱办学现象，将183种专科专业压缩调整为120种，规范专业名称和内涵，压缩文科类、普通经济类的专业布点数，增加理工、管理类的专业布点数，压缩本科院校的专科专业，扩大专科学校的招生专业。1999年，第三次全国教育工作会议确定大力发展高等职业教育，培养高等技术人才。据此，大规模调整高职高专的专业设置，使专业设置种类和布点数有了大幅度增长，专业结构进一步改善。截止目前，普通高职高专专业种数为228种(含各本科院校专科专业)、专业布点数为399个。
近几年我区高等教育学科专业建设及调整，在逐步贴近社会需求，本、专科层次结构及布局的变化开始趋向合理，各学科专业变化及比例增长较明显地反映了劳动力市场、高校扩招和教育对象观念的变化。但是，就目前高等教育学科专业建设所面临的经济社会发展背景和高等教育改革发展的要求来看，我区高等教育学科专业建设中仍然存在一些问题，主要有以下几个方面。
——高等教育学科专业建设的整体规划不够，对自治区经济社会发展，特别是对经济发展宏观战略、产业结构的调整和布局，系统研究不够，学科专业建设调整论证不充分，学科专业建设水平与社会需求存在一定的差距，尤其是针对自治区支柱产业和重点行业的学科专业建设不足，重点支撑度不高。
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