各级财政要逐步加大农业综合开发资金投入。“十五”期间，全省农业综合开发财政资金投入增长幅度应高于“九五”水平。地方各级财政部门要积极筹集资金，加大对农业综合开发的资金投入。除中央、省财政专项安排农业综合开发资金外，地方各级财政要切实落实配套资金，确保配套资金及时足额到位。根据我省经济发展状况，继续对各市实行差别配套政策，省级财政继续加大投入力度，对黄桥老区、茅山老区区别不同项目，适当提高投入比例。
积极发挥财政资金导向作用，引导、鼓励、支持农村集体经济组织和农民增加投入。农民是农业综合开发的直接收益者，农民投工投劳、发展生产属于自身的经营活动。要调动和保护农民从事农业综合开发的积极性，农民筹资投劳要符合有关政策规定。实行农业综合开发项目和资金使用公示制，接受农民群众监督。适应农业和农村经济发展需要，创新投资机制，积极探索农业综合开发新的投资开发方式，吸引各类社会投资和外资参与农业综合开发。
按照国家规定采取综合因素法分配中央和省财政农业综合开发资金，对农业综合开发潜力大、农民群众开发积极性高、资金配套到位率高、开发效果好的地方，优先纳入农业综合开发的立项扶持范围。为使农业综合开发资金管理更加科学、规范、透明、民主，提高资金的使用效益，在分配项目资金时，除考虑客观因素外，把各地的开发业绩、配套能力以及有偿资金的还款情况与下达投资控制指标相挂钩，充分调动各地搞好农业综合开发的积极性。
建立健全农业综合开发资金管理和监督制度，切实做到专帐核算、专款专用。实行项目和资金管理有机结合，以资金投入确定项目规模，按项目管理资金。全面推行财政无偿资金县级报帐制、财政有偿资金委托银行放款制和项目资金公告制。加强财政有偿投入资金的使用管理工作，强化债务管理，按照“谁收益，谁还款”的原则落实还款责任，确保及时足额偿还，逐步形成放得出、用得好、收得回的良性循环机制，防止形成债务风险。加强财务检查和审计监督，严禁挤占挪用农业综合开发资金。凡发现违反财政政策规定，将农业综合开发资金挪作他用等现象的，除按照有关规定进行处理外，酌情扣减当地今后年度的农业综合开发资金。
四、遵循市场化运作规律，积极推进农业综合开发机制创新
全面推行农业综合开发项目招投标制度，创新项目运作方式。通过公开、公平、公正的招投标活动，强化农业综合开发的竞争机制，保护国家利益、农民利益和投标商合法权益，保证项目建设质量，降低成本，加快建设进度，提高经济效益。切实改革按行政区域分投资、按计划经济模式抓农业综合开发的做法，大力推行农业综合开发项目、土建工程的招投标制和物资设备的竞争性采购制，逐步实现按市场经济体制和竞争机制分配项目和投资。
积极引导和扶持各类农村合作经济组织的发展，创新农业综合开发的组织形式。充分发挥农村合作经济组织在农业综合开发中推进农业产业化经营、促进农业产业结构调整、带动项目区高效农业发展、提高农民组织化水平的作用。
