财政国库管理制度改革的指导思想是：按照社会主义市场经济体制下公共财政的发展要求，建立和完善以国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度，进一步加强财政监督，提高资金使用效益，更好地发挥财政在宏观调控中的作用。
根据上述指导思想，财政国库管理制度改革遵循以下原则；
(一)坚持“三不变”原则。预算管理体制不变，即年度预算仍然由各单位编报；单位的理财机制不变，即资金的使用权仍归各单位；单位的会计主体法律责任不变。
(二)坚持规范操作原则。合理确定财政部门、征收单位、预算单位、中国人民银行国库和代理银行的管理职责，所有财政性收支都按规范的程序在国库单一账户体系内运作。
(三)坚持管理监督原则。增强财政收支活动透明度，使收入缴库和支出拨付的整个过程都处于有效的监督管理之下。
(四)坚持方便用款原则。减少资金申请和拨付环节，使预算单位用款及时，便利。
(五)坚持分步实施原则。改革方案要体现系统性和前瞻性，使改革目标逐步得到实现。
三、国库管理制度改革的主要内容
按照财政国库管理制度的基本发展要求，建立国库单一账户体系，所有财政性资金均纳入国库单一账户体系管理，收入直接缴入国库或财政专户，支出通过国库单一账户体系直接支付到商品和劳务供应者或用款单位。
(一)国库单一账户体系的设置
国库单一账户体系的构成和各账户的功能。
1．财政部门在中国人民银行开设国库单一账户，按收入和支出设置分类账，收入账按预算科目进行明细核算，支出账按资金使用性质设立分账册。国库单一账户为国库存款账户，用于记录、核算和反映纳入预算管理的财政收入和支出活动，并用于与财政部门在商业银行开设的零余额账户进行清算，实现支付。
2．财政部门按资金用途在商业银行开设零余额账户，用于财政直接支付和与国库单一账户支出清算；在商业银行为预算单位开设零余额账户，用于财政授权支付和清算。
3．财政部门在商业银行开设预算外资金财政专户，按收入和支出设置分类账，用于记录、核算和反映预算外资金的收入和支出活动，并用于预算外资金日常收支清算。
4．财政部门在商业银行为预算单位开设小额现金账户，用于记录、核算和反映预算单位的零星支出活动，并用于与国库单一账户清算。
5．经国务院和自治区人民政府批准或授权财政部门开设的专户(以下简称特设专户)，用于记录、核算和反映预算单位的有关特殊专项支出活动，并用于与国库单一账户清算。
