卫生行政部门要履行卫生行政管理与执法监督的职能。职责，切实加强对农村卫生工作的全行业管理。要以区域卫生规划为指导，合理安排和调整县、乡、村三级医疗卫生网络的功能、布局；认真执行卫生法律法规，完善卫生规章制度和技术服务规范，严格医疗卫生机构、从业人员、卫生技术应用与公共卫生许可的准入审批和管理。禁止非卫生技术人员进入卫生技术岗位；开展农村医疗服务市场与公共卫生的专项治理和经常性监督，依法取缔各种形式的非法行医，及时查处各种违法行为。乡镇人民政府要配合县级卫生行政部门做好本乡镇的卫生工作，大力开展爱国卫生运动，搞好农村改水改厕，支持卫生行政执法，积极抓好乡、村卫生机构的建设。
改革乡镇卫生院的管理体制，将人员、业务、经费等上划到县级人民政府卫生行政部门统一管理。对解体、分散经营的乡镇卫生院，要进行专项整顿，尽快恢复基本医疗、预防保健的整体服务功能和区域公共卫生管理的职能。进一步完善和实施乡村卫生服务管理一体化，积极推行村级妇幼保健、计划生育和妇女工作“三位一体”管理，强化乡镇卫生院对乡村卫生机构的指导与监管，提高乡村卫生机构综合服务能力。
坚持公有制在农村医疗卫生机构中的主导地位。乡镇卫生院是农村公立医疗卫生机构，由政府、集体投资举办，也可以在政府、集体投资渠道不变的前提下，采取卫生院职工融资或者与上级医疗卫生机构纵向合作组建医疗集团等形式合作经营。撤区并乡后，原则上一个乡（镇）只保留一个乡（镇）卫生院，其它卫生院可以继续实行政府、集体投资举办或合作经营，或者转为政府不再给予补助的非营利性医疗机构；也可以通过产权转让、实行股份经营等途径转为营利性医疗机构，不再冠用卫生院的名称。村卫生室可以由村委会集体举办、村医联办或者乡镇卫生院设点领办，也可以个体承办。鼓励社会团体、企事业单位和个人捐资兴办非营利性医疗机构，允许各种经济成分在农村投资举办营利性医院。
三、健全农村卫生服务网络
县（市、区）人民政府要根据初级卫生保健和农民医疗预防保健的需要，制定和实施区域卫生规划，按照“一网多用”的原则，优化卫生资源配置，合理调整卫生服务网络的功能和整体布局，避免有限资源的重复配置和浪费。乡（镇）卫生院、血吸虫病诊治机构和计划生育技术服务机构，要按照各自服务职责，规范服务范围，严格依法执业。对局部区域内卫生机构设置密集、卫生资源利用明显不足的，可采取撤、并、转等形式进行资源重组。鼓励县、乡、村三级医疗卫生机构开展多种形式的纵向业务技术合作，组建医疗联合体。在农村卫生服务网络建设中，要重视和发展农村中医药事业。
继续加强县级医疗卫生机构的建设。充分发挥其作为全县卫生技术服务、指导和培训中心的作用。县级医院（含中医院）要逐步达到二级甲等医院建设标准，主要解决农民危重、疑难病症的诊治，承担乡、村卫生机构的转诊。县级疾病控制和妇幼保健机构要按照国家有关标准要求，完善基础设施和实验室的建设，改进技术手段，深入乡、村开展预防保健工作，把疾病控制和妇幼保健措施落实到基层。要加快县级卫生监督体制改革，充实卫生行政执法机构力量，加强对农村公共卫生和医疗服务市场的监管。有条件的县（市、区）可以在乡（镇）派驻卫生监督执法人员。
