(一)第一条第二款中“试点必须以党的十五大精神为指针”修改为“试点必须以党的十五大和《中共中央
国务院关于促进小城镇健康发展的若干意见》(中发[2000]11号)精神为指针”。
(二)第二条第(一)项修改为“建立精简、高效、协调的小城镇管理体制。根据国家有关机构改革的方针和原则，允许试点镇积极探索适合小城镇特点的新型城镇管理体制，镇政府要集中精力管理公共行政和公益性事业，创造良好的投资环境和社会环境；在规定的机构编制限额内，根据实际需要设置机构和配备人员，不要求上下对口；加强综合改革试点镇的领导，配备强有力的镇领导班子，增强试点镇统筹协调能力。”
(三)删去第二条第(二)项第二点中“优惠”和第(三)项。
(四)第二条第(五)项修改为“建立在政府引导下，通过市场机制建设小城镇的新机制。试点镇的政府可结合本地实际，按照‘谁投资、谁受益’的原则，建立小城镇建设和发展的多元投资机制。在发展经济、增加财力的基础上，可从镇一级财政支出中加大对镇公用建设事业的投资比例。试点镇的维护建设税应全部返还给镇用于基础设施建设。积极探索依靠进镇农民建设新兴城镇的路子。鼓励单位和个人投资兴建市政公用设施和公共基础设施。
(五)删去第二条第(六)项“试点小城镇”中的“小城”。
(六)第二条第(七)项中“严格试点小城镇的规划”修改为“严格试点镇的经济和社会发展规划、环境保护规划和土地利用规划”。
(七)第二条第(八)项修改为“产业兴镇，培育和完善小城镇的市场体系。根据小城镇的特点，以市场为导向，以产业为依托，大力发展特色经济，着力培育各类农业产业化龙头企业，形成农副产品的生产加工和销售基地。大力发展试点镇第三产业，建立适合当地经济发展特点的专业市场、农产品批发市场和生产要素市场。同时，鼓励各种类型的农产品流通组织、中介组织和个体户参与市场流通，试点镇政府要积极引导，建立有序的市场竞争机制。
(八)第二条增加一款作为第(九)项：“进一步鼓励农民进入小城镇。探索户籍制度改革后农民进入小城镇的配套措施，鼓励农民进城务工经商。农村集体经济组织要严格承包合同管理，保护进镇落户农民保留的承包土地经营权，同时要防止耕地搁荒和非法改变用途。”
(九)第三条第(一)项中“试点方案由地州市农村改革试点办公室、体改委(办)和县(市、区)帮助试点镇制订”修改为“试点方案由市州农村改革试点办公室、农委(办)和县(市、区)帮助试点镇制订。”
