项目管理方面，首先要强化项目实施过程的管理，保证各种措施落实到位。土地治理项目重点抓好农业、水利、林业、科技措施的综合配套；多种经营项目重点抓好产业化经营和市场开发；科技项目重点抓好高新技术、实用技术和配套设施的落实，提高产品科技含量，增强市场竞争力。同时，大胆探索和采用项目法人制、招投标制等管理方法。其次，抓好项目前期工作，认真做好项目建议书和可行性研究报告编制工作，严把立项关。三是抓好项目建后管护工作，明晰产权，制定管护制度，建立管护队伍，搞好宣传，动员广大群众支持和参与管护，认真落实兑现奖惩制度。要探索国有资产产权管理机制，提高农发国有资产的经营和使用效益。四是加强项目中期检查和竣工验收工作。五是农业综合开发项目安排要与其他农口部门项目相衔接，避免重复建设，提高综合效益。
在资金管理方面，首先要开拓思路，寻求多层次、多渠道的资金筹措方式，积极向“民办公助、配套投入、滚动开发”的运行新机制转变；二是要规范资金使用和支出管理，专款专用，保证重点支出和工程需要；三是严格执行
农业综合开发财政有偿资金管理暂行规定，加强有偿资金的回收管理，规范有偿资金使用范围，确保及时投放，按期回收。
在制度建设方面，一是全面推行专家评审制度，提高立项的科学性；二是严格执行《农业综合开发县级工作规程》；三是研究制订《甘肃省农业综合开发条例》，将我省农业综合开发工作纳入制度化、法制化轨道；四是积极推进以用水户参与灌区管理为主要内容的水资源管理体制改革，努力建立新型节水管理机制；五是积极推行资金报帐制和有偿资金委托银行贷款制，逐步推行项目资金公告(示)制；六是严格实行项目资金专人管理、专帐核算、专款专用制度；七是加强项目资金使用的监督检查，提高资金使用效益。
(三)加快实施科教兴农战略，提高农业综合开发水平。“十五”期间，我省农业综合开发要在农业科技体系的机制创新、技术引进推广、成果转化、高新科技示范园区和农业科技推广示范建设等方面取得突破性进展。鼓励科研单位、大专院校同农业综合开发项目单位开展多形式的联合与合作，发展农业高新技术产业，建立以项目区和企业为主体，科研院校为依托的技术开发体系，走科技与经济紧密对结的新路子，不断提高农业综合开发的科技含量。在现有技术的组装配套和推广应用方面，一是把自主研究同技术引进相结合，高新技术同常规技术相结合，使成熟技术尽快转化为现实生产力；二是综合运用工程、农艺、生物化学措施，不断提高科技对农业增长的贡献率；三是突出抓好“种子工程”，重点推广和普及农林草畜高产优质新品种、常规节水灌溉、地膜覆盖、旱作农业丰产技术、灌区综合增产技术、高寒阴湿区粮食丰产技术、节能日光温室、果型美化和农产品贮藏保鲜加工等先进技术。在农业技术创新方面，要组织精干、高效的研究队伍，把新技术的研制、引进、推广和应用有机协调起来，大力培植和发展高科技新型产业；要在联合开展关键技术攻关的同时，重点加大转基因育种、生物工程、胚胎移植、脱毒种苗单细胞快速繁殖、高新节水等技术成果的引进和推广力度。设农业高新技术示范园区和科技推广示范园区建设要坚持高标准、高科技、高效益，以城郊为主，同小城镇建设相结合，集中力量抓好不同层次的示范区和示范点，使其成为我省农业综合开发和现代管理的“领头雁”和“辐射源”。建立和完善农业信息体系，适当扶持农业信息网络建设，建立农业综合开发管理信息系统，通过网络为广大农民提供农产品交易平台，提供农业科学技术、农产品产销信息、气象信息及进出口信息等服务。
(四)加强机构和队伍建设，搞好部门协作。“十五”期间，我省农业综合开发任务繁重，各级党委、政府要切实加强对农业综合开发工作的领导，发挥农业综合开发领导小组的作用，明确和健全各级农业综合开发部门职能。各级领导要在确定开发思路、编制规划、项目审定、项目建设、资金管理等重大问题和关键环节上严格把关，深入调查研究，检查指导，帮助项目区干部群众解决工作中存在的困难和问题，提高项目建设进度和质量。进一步加强农业综合开发人员队伍建设，积极开展多种形式的培训，努力提高干部素质，培养适合农业综合开发工作需要的各类专门人才。理顺农业综合开发部门与有关部门的工作关系，加强配合协作，形成强大合力。各级农业综合开发机构及工作人员，要按照“三个代表”的要求，努力改进工作作风，增强服务意识，适应新的工作要求，掌握现代化的管理手段和管理方法，不断提高政策和业务水平，努力完成“十五”期间我省农业综合开发的各项目标任务。
