第九条 直通港澳运输车辆指标调控，由省粤港澳直通车管理联席会议统一负责。
第十条 直通客运车辆过境班次由省外经贸厅牵头组织省有关部门与香港有关部门通过粤港口岸合作会谈等渠道商定。
第十一条 经批准设立的运输公司，应自营业执照签发之日起计一个月内到当地主管税务部门备案，一年内（其中直通客运公司自取得过境班次之日算起）投入营运，否则由省外经贸厅收回车辆指标。
第十二条 运输公司自动放弃的直通港澳运输车辆指标，统一由省外经贸厅收回。
第十三条 省外经贸厅收回的直通港澳运输车辆指标，一律交省粤港澳直通车管理联席会议调剂安排，条件成熟时逐步实行公开招标。
第十四条 运输公司需暂停车辆营运者，可向省外经贸厅提出报停申请，经批准后到有关部门办理相关手续。车辆报停期分３个月和６个月两类，报停期满后应及时办理恢复营运手续，否则作自动放弃车辆指标处理。
第十五条 运输公司变更合作单位，先由省外经贸厅在审批前提出意见，报省人民政府备案，省人民政府１５天内无异议，省外经贸厅方可给予办理变更手续。
第十六条 运输公司车辆营运以及放弃、报停车辆指标等情况，由省外经贸厅每半年向省粤港澳直通车管理联席会议报告一次，同时抄送省有关部门。
第十七条 外商投资企业、对外加工装配企业自货自运厂车，由省外经贸厅会同省公安部门审批。
第十八条 其他省、市、区直通港澳运输车辆指标，由广东省粤港澳直通车管理联席会议分配给各省、市、区自行审批。
第四章 走私行为的处理
第十九条 利用直通港澳运输车辆进行走私活动的，除依法处理外，还视情况分别作如下处理：
（一）运输公司利用直通港澳运输车辆进行走私的，取消该公司全部直通车辆指标。
（二）外商投资企业及对外加工装配企业利用自货自运厂车进行走私的，取消该企业相应厂车指标，一年内不得重新申办。
