设区城市应当按照精简、效能原则，设立一个住房公积金管理中心，负责本行政区域内的住房公积金的管理运作。对现有的管理机构要按照统一决策、统一管理、统一制度、统一核算的原则进行撤并调整。县(市)不设立住房公积金管理中心。原管理机构可根据业务和合理布局的需要，按照属地化原则，改组为新管理中心的业务经办网点，极少数住房公积金归集数额大、管理规范的县(市)、上级政府机关及特大型独立工矿区设立的管理机构，可改组为分中心，作为管理中心的分支机构。分中心不是独立的社会法人，不能单独登记设立，不能独立核算；分中心的编制纳入管理中心统一核定，负责人由管理中心任命，经费由管理中心统一报财政部门核定。管理中心(含分中心)编制数可根据归集公积金数额，兼顾正常运作需要确定。关于分中心的设立条件、审批程序，待国家明确后按规定执行。
住房公积金管理中心是直属城市人民政府的不以营利为目的的独立事业单位，不得挂靠任何部门或单位，不得与其他部门或单位合署办公，也不得兴办各类经济实体。各地房改办与管理中心合署办公的，其编制、经费等由城市政府安排考虑。住房公积金管理中心要建立岗位责任制度和内部审计制度，加强内部管理。管理费用实行收支两条线管理。领导班子由住房公积金管理委员会推荐，并征求省建设行政主管部门意见后，按照干部管理权限审批并办理任免手续，由设区城市人民政府任命，不得兼职。省建设行政主管部门和住房公积金管理委员会要加强对住房公积金管理中心负责人的协管和监督，发现问题及时向设区城市人民政府反映，必要时，可以提出撤换住房公积金管理中心负责人的建议。
住房公积金管理机构撤并调整工作按照“冻结、清理、审计、移交”四个环节，分步实施。自本《方案》发布之日起，在保证公积金的正常归集提取、发放个人住房委托贷款和办理个人账户转移等业务的前提下，一律冻结现有住房公积金管理机构的资产和人员编制，并抓紧对现有管理中心的资产负债和人员状况等进行全面清理、核实。
清理工作由原住房公积金管理机构负责。要认真做好清产核资和移交工作，对现有住房公积金管理机构资产负债情况，要进行认真清理，登记造册，一并移交新成立的住房公积金管理中心，防止资产流失。清理的主要内容为:住房公积金存款是否在住房委员会指定的商业银行开户，存款余额是否真实、准确，与开户银行的帐目余额是否相符，未达账项是否真实；委托贷款是否合规，数额是否真实、准确，贷款手续是否齐全，逾期贷款是否如实反映，呆坏账贷款的核销是否符合规定；购买国家债券的品种、数额是否真实、合规，入帐价值是否准确；住房公积金缴存余额是否真实、准确，住房公积金帐帐、帐实是否相符；往来款项、计提项目列帐是否合规、真实、准确，有关手续是否齐全；贷款风险准备金、待分配增值收益的数额，贷款风险准备金是否按规定提取，增值收益分配是否符合国家有关规定等。原公积金管理机构的财产、债权和债务按《
事业单位财务规则》的有关规定进行清理。机构调整中，涉及到的公有住房出售收入、已售公有住房公用设施设备维修基金，应分别按照国务院办公厅《关于加强公有住房出售收入管理的意见》和建设部、财政部《关于加强住宅公共部位公用设施设备维修基金管理的通知》规定处理。清理工作中的审计工作由省审计厅负责。
