(一)立项部门与财政部门已联合制定项目资金管理办法，属财政一次性补助资金的项目，主管部门批复项目文件，抄送同级财政部门备案；属一次立项、分年补助的项目，主管部门会签同级财政部门下达项目批复文件。
(二)立项部门与财政部门未制定项目资金管理办法，确需财政专项资金安排的项目，原则上实行一次性补助。省级单项补助金额超过100万元的项目，主管部门经财政部门会签立项批复下达。
省级单项补助金额超过300万元的项目(含300万元)，经报政府批准后立项。
(三)基本建设项目要求配套的财政支农专项资金，配套规模需经同级财政部门审核认可。
(四)中央有关部门安排的支农专项资金，需由地方政府配套的项目，主管部门经同级财政部门会签申报。
第四十条 主管部门对本年度预算安排支农专项资金的项目计划、事业计划的公平、合法、合规性负责；对申报不合规、项目不属支农范围的，不予立项。
第四十一条 项目申报单位负责对本级上报项目的真实性和文件的合规性进行审查；对安排的专项资金是否按期到位、安全使用、规范管理、信息反馈负责。
第四十二条 项目实施单位对专项资金使用的合法合规性、项目工程质量、项目按期完成、使用效益负责。
第四十三条 财政部门对同级预算和上级补助的支农专项资金的执行进度、资金的安全性、资金按项目按期到位负责；有权对本级安排的不合规项目、重复投入项目、不合理留用等资金不予下达；对违法、违规分配使用项目资金的行为有责任向上级部门反映。
第九章 档案管理
第四十四条 实行项目管理的财政支农专项资金，都必须建立项目档案，通过系统档案资料的建立，逐步形成财政支农专项资金的立项项目档案库和储备项目库。
财政部门和主管部门对下级部门上报符合扶持条件的农业发展项目纳入项目库管理，分类建立项目储备档案，为申报项目和加快本级项目资金的分配提供条件。
第四十五条 财政支农专项资金的项目档案管理包括：项目基本情况；项目方案；项目的具体实施及资金使用情况；项目实施的结果及竣工验收报告；项目的效益情况。
第四十六条 财政支农专项资金的项目档案要落实专人管理，明确职责，做到规范化、制度化。
