第十五条 国家能源、交通、水利、矿山、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，涉及农用地转用或者征用土地的，由土地行政主管部门逐步上报首人民政府审核，报国务院批准。
第十六条 征用、占用基本农田的单位和个人，除按规定缴纳有关税费外，还应按“占多少，垦多少”的原则，负责开垦与所占耕地数量和质量相当的耕地，没有条件开垦的，按实际用地面积缴纳基本农田耕地开垦费。占用一级基本农田的，每平方米10至20元；占用二级基本农田的，每平方米5至15元。占用其他耕地的，按每平方米2至10元缴纳耕地开垦费。
耕地开垦费由县级以上人民政府土地行政主管部门负责收取，并组织基本农田的复垦和开发。
第十七条 省、市州（地区）、县（市、区）应建立基本农田开发建设专项资金。基本农田开发建设专项资金主要由耕地开垦费、土地闲置费、国有土地荒芜费、耕地占用税和国有土地使用权有偿出让金构成。
专项资金主要用于基本农田的开发、复垦和中低产田的改造。专款专用，并接受审计部门的检查和监督。
基本农田开发建设专项资金的筹集、使用和监督管理办法，由省人民政府另行制定。
第十八条 基本农田保护区内的零星居民住房，要按村镇建设规划，有计划地拆迁。腾出的土地可优先安排给被拆迁者复垦耕种。
第十九条 承包基本农田的单位和个人，弃耕一年以内的，由发包单位限期恢复耕种或促其转包；超过一年的按同类农田产值的2倍收取土地荒芜费；两年以上仍不耕种的，由发包单位收回其承包经营权，重新发包。
国有耕地荒芜费由县（市、区）人民政府土地行政主管部门收取；农村集体耕地荒芜费由乡（镇）人民政府收取，主要用于基本农田的复垦和开发。
第二十条 已办理审批手续的非农业建设项目占用的基本农田，一年内不用而又可以耕种并收获的，应由原耕种该地的单位或个人继续耕种，也可以由建设单位组织耕种；一年以上未动工兴建而闲置未用的，由县级人民政府土地行政主管部门按同类农田产值的2至4倍收取土地闲置费。连续两年未使用的，由县级人民政府土地行政主管部门报经原批准机关批准，收回用地单位的土地使用权，注销土地使用证。收回的土地应当还耕。
