第十一条 基层公共基础设施建设专项资金实行国库单一帐户管理，统一由各级财政部门按资金分类在自治区财政厅指定的国有商业银行开设专户，实行专项核算、垂直管理、封闭运行，所有用于基层公共基础设施建设的专项资金一律通过专户拨付，确保专项资金专款专用。各级财政部门不得将基层公共基础设施建设专项资金抵顶预算内正常事业费开支，不得用于工资发放，严禁各种弄虚作假和挤占、挪用专项资金的行为。
第十二条 基层公共基础设施建设项目资金一经确定，原则上不得调剂使用。确因特殊情况需调剂使用的，由所在县（市、区）业务主管部门向同级财政部门提出申请，并报经当地人民政府同意后，方可在部门内在经自治区确定的项目之间适当调剂使用，但不能跨部门、跨地区调剂使用。
第十三条 各级财政部门要加强对基层公共基础设施建设专项资金的日常管理，建立资金管理责任制，确保资金及时足额到位，提高资金的使用效益。
第十四条 基层公共基础设施建设专项资金严格实行项目管理负责制。基层公共基础设施建设的各类项目，根据类别及性质对口归属各级相应的业务主管部门具体管理。自治区业务主管部门除负责项目的调查核实、论证、审定以及办理申请拨付资金手续外，还负责与地市业务主管部门进行项目协调指导、监督本部门所属项目的实施、资金使用、项目验收及其结算、决策工作；各县（市、区）业务主管部门负责申报、管理、监督本部门所属的各项建设项目，对本部门建设项目单位的资金使用进行严格管理、严格监督，对项目建设单位提出的资金拨付和报帐申请进行认真审核，严格把关，并落实领导责任制，指定专人负责，直至项目竣工验收合格交付使用为止。
第十五条 基层公共基础设施建设项目和大宗设备及原材料采购要按有关规定实行公开、公平、公正的招标和政府采购，切实提高资金使用的透明度及效益。对造成资金损失浪费，致使建设项目不能按时、按质、按量完成的，要追究有关领导和直接责任人的责任。
第十六条 在基层公共基础设施建设中，各级政府所属各部门的工作人员联系、检查建设项目所发生的差旅费、汽车燃修费、电话费等各种费用原则上要回所在单位报销，不得在基层公共基础设施建设专项资金中开支。确因单位经费困难无法支付项目管理工作所需费用的，经当地政府领导同意，允许在本部门基层公共基础设施建设专项资金专户的银行存款利息收入中支付。
