重要生态功能保护区内应停止一切导致生态功能退休的开发活动；停止一切产生严重污染的工程项目建设；禁止一切人为破坏活动；改变粗放型生产经营方式，走生态经济型发展道路；要结合生态环境建设措施，对已遭受破坏的生态系统进行重建与恢复。
三、正确处理开发与保护的关系，加强重点资源开发中的生态环境保护
严格资源开发利用中的环境管理，切实加强对水、土地、森林、海洋、矿产等重要资源开发中的生态环境保护。各类自然资源的开发，必须遵守相关的法律法规，严格执行环境影响评价、编报水土保持方案和“三同时”制度，建设项目特别是生态功能保护区中的建设项目“三同时”制度和环境影响评价制度执行率要达到100%。严格执行《全国生态环境保护纲要》中严禁和限制开发的规定，坚决制止资源开发中对生态环境造成新的破坏。
水资源的开发利用应当符合流域规划的要求，上、中、下游统筹兼顾，生产、生活和生态用水综合平衡，坚持开源与节流并重、节流优先、治污为本、科学开源、综合利用的原则。加强流域生态环境管理，实行边界水质和流域污染排放总量双控制，协调上下游经济布局、产业结构、城镇建设和生态环境保护。用水紧张地区应逐步调减高耗水产业，建立缺水地区高耗水项目管理制度。新建水库、灌溉和引水工程，应保证原河道内有合理的最小流量。在地下水严重超采地区，划定地下水禁采区。对擅自围垦的湖泊、湿地和填占的河道，要限期退耕还湖还水。严禁向水体倾倒垃圾和建筑、工业废料。各地要抓紧编制和实施本辖区饮用水水源地建设和保护计划，划定饮用水水源保护区，制定相应的管理办法。
切实加强森林资源保护，努力提高森林植被质量。对具有重要生态功能的林区，应划为禁垦区和禁伐区，严格监护。进一步实施天然林保护工程；加快建设水源涵养林、水木保持林、防风固沙林、特种用途林等生态公益林；加强森林防火、防病虫害工作，最大限度地保护和发挥好森林的生态效益。八大水系上中游陡坡耕地要有计划、分步骤地实行退耕还林还草。对毁林开垦造成的生态破坏，要按“谁批准、谁负责，谁破坏、谁恢复”的原则，限期退耕还林，恢复植被；对矿产资源开发造成的生态破坏要由开发者限期恢复；对已经停止采矿的矿山、坑口，要及时绿化；对不符合规划要求建设的旅游设施，要限期拆除。依法禁止一切形式的捕杀、采集和买卖濒危野生动植物的活动，加强野生生物资源开发管理。
加强海洋和渔业资源开发利用的生态环境保护。海洋和渔业资源开发利用必须按功能区划进行，做到统一规划，合理利用。要加强重点渔场、江河出海口、海湾及重要水生资源繁育区的保护，促进渔业资源的恢复。加快海岸防护工程和海岛防护林体系建设，加大陆源 污染物和海洋污染的控制和治理力度，加强入海河流中下游沿岸的排污、港口码头和船舶污染、海上倾废的管理。
