四十四、第五十四条改为第五十一条，并将第二款修改为：“不按照排污许可证的规定排放污染物或者无排污许可证超标排污的，由负责颁发排污许可证的环境保护行政主管部门责令限期改正，可以处５００元以上５万元以下的罚款。情节严重的可吊销排污许可证。”
四十五、第五十五条修改为：“违反本条例第三十六条规定，新建污染严重的土（小）生产企业的，由县级以上人民政府责令其停止建设或者关闭，由环境保护行政主管部门处以１０００元以上２０万元以下的罚款。”
四十六、第五十六条修改为：“违反本条例第三十九条规定，进口不能用作原料的境外废物或者擅自进口废物用作原料的，由海关责令其退运，并可根据国家规定处以罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对已经造成环境污染的，由省环境保护行政主管部门责令进口者消除污染。”
四十七、第五十七条改为第五十二条，修改为：“违反本条例第三十二条规定，不进行环境影响评价，不进行三同时建设，或者建设项目竣工后其环境保护设施不经验收合格，主体工程即投入生产或者使用的，由负责审批该建设项目环境影响报告书（表）或环境影响登记表的环境保护行政主管部门按照国务院的规定处罚。”
四十八、第五十八条改为第五十三条，修改为：“违反本条例第三十三条规定，建设项目环境影响报告书（表）或环境影响登记表未经批准，为建设单位办理有关批准手续的，其批准文件无效；造成损失的，应当依法赔偿，并依法追究有关责任人员的行政责任。”
四十九、第五十九条改为第五十四条，修改为：“违反本条例第三十四条规定，无资格证书或者超出资质等级进行环境影响评价或者评价结论错误造成损失的，由环境保护行政主管部门责令其退回评价所得，并可处以评价所得１倍以下的罚款；对直接责任人员处以５００元以上５０００元以下的罚款。
“建设项目环境影响评价结论错误的，由环境保护行政主管部门按规定降低评价单位的资格等级，造成严重后果的，吊销其资格证书。”
五十、第六十条改为第五十七条，修改为：“违反本条例第四十四条规定，被限期治理者逾期未完成治理任务的，环境保护行政主管部门可根据造成的危害后果处以３０００元以上１０万元以下的罚款；对污染严重，缺乏治理措施的，由县级以上人民政府责令关闭、停业或者转产。”
