由各级实施行政审批事项的部门，根据上述分类清理的原则，研究审定本部门实施的行政审批事项，提出保留、撤销或者缓行、下放、合并、调整的意见，报送本级人民政府（行署），由本级人民政府（行署）行政审批制度改革工作领导小组办公室进行审核，并负责与有关部门勾通、协调。对争议、分歧意见较大的，由领导小组办公室提出意见，提请领导小组研究决定。
第二阶段：检查验收
对行政审批事项清理工作，实行层级检查验收。即：自治区人民政府行政审批制度改革工作领导小组对地、州、市清理工作进行检查验收，地、州、市行政审批制度改革工作领导小组对县（市、区）清理工作进行检查验收。具体工作由本级领导小组办公室负责实施。涉及全区性、普遍性的重要问题，提请自治区领导小组研究决定。
第三阶段：公布实施
行政审批事项清理工作经检查验收后，由接受验收的行政审批制度改革工作领导小组向本级人民政府（行署）呈送清理工作报告，提请批准实施。经批准实施的行政审批事项，由本级人民政府（行署）向社会发布公告，并向上一级人民政府（行署）行政审批制度改革工作领导小组办公室备案。
凡公告予以撤销、缓行和下放由下一级行政机关或者调整由其他行政机关实施的行政审批事项，原实施机关应当立即停止实施。
凡公告保留实施的行政审批事项涉及收费的，由自治区财政、计划（物价）部门依照国务院有关规定和《自治区行政事业性收费管理条例》严格审定收费项目和收费标准；审批事项实施部门对收取的费用，必须执行收支两条线规定，并接受财政、计划（物价）、审计、行政监察机关的监督，接受社会监督。
对公告保留实施的行政审批事项，由各级实施行政审批的部门，在办事场所公示办事程序、期限、责任人等，制定并向社会公布监督制约的具体措施，实行审批责任制。公告保留实施的行政审批事项以及监督措施应当向本级人民政府（行署）行政审批制度改革工作领导小组办公室备案。
自公告发布之日起，各级人民政府（行署）及其所属部门，凡新增设（包括清理中因漏报而补报）行政审批事项的，须由本级人民政府（行署）向上一级人民政府（行署）行政审批制度改革工作领导小组办公室提交适用依据、实施方案和监督保障措施，经核查批准后，由本级人民政府（行署）发布公告，方可实施。
五、需要注意的几个问题
（一）明确工作重点和清理范围
行政审批制度改革，以经济事务的行政审批事项为重点，兼顾其他方面，突出抓好自治区人民政府及所属部门的工作落实。
