（一）海域使用金的缴交。海域使用申请批准后，海洋行政主管部门根据《海域使用审批呈报表》负责填发“缴交海域使用金登记单”。海域使用方根据缴交海域使用金登记单有关规定，将海域使用金直接缴入同级财政在开户银行设立的“海域使用金财政专户”。凡不按期缴纳海域使用金的，自逾期之日起，每日加征交纳海域使用金总额３‰的滞纳金。
（二）统一海域使用金票据。征收海域使用金，必须使用省级财政部门统一印制的海域使用金专用票据。海域使用方按规定全部或按年度支付海域使用金后，财政部门应及时为海域使用方开具“福建省海域使用金专用票据”。海洋行政主管部门根据海域使用金专用票据填发海域使用权证。
（三）海域使用金缴库方式。海洋行政主管部门应于次月５日前填报“海域使用金清算单”与财政部进行核对。财政部门将海域使用金用“一般缴款书”，分别以“海域出让金”、“海域转让金”、“海域租金”项级科目按中央、省、市、县分成比例就地缴入各级金库。
第十二条 海域使用金根据海域使用批准权限按以下规定划分收入级次：县级和设区市级审批征收的海域使用金３０％上缴中央财政，其余的７０％分别上缴县级和设区市财政；省和中央审批征收的海域使用金３０％上缴中央财政，７０％上缴省级财政。
第十三条 各级财政部门在编制年度预算时，可按不高于海域使用金征收总额５％的幅度内，安排各级海洋行政主管部门海域使用金征管业务费。
第十四条 按规定缴纳的海域使用金，可从成本中列支。
第十五条 海域使用人在使用海域期间，有下列情况之一者，可提出减免申请，经有批准权的人民政府财政部门和海洋行政主管部门审查批准，在一定期限内减缴、缓缴或免缴海域使用金。
（一）因遭受严惩自然灾害或因其它不可抗力因素影响，确实造成重大经济损失的，可按其损失程度，适当减缴或免缴海域使用金。
（二）公共航道、公共锚地、防坡堤、航标、执法和科研等公务船舶专用码头、军事、市政排污等非营利性用海活动，免缴海域使用金。但其取得的海域使用权未经批准，不得转让、出租。确需改变用途的，要依法补交海域使用金。
（三）国家重大建设项目用海，可减缴或免缴海域使用金。
