第十六条 各级财政部门或主管部门应对上报的项目进行综合平衡，不得交叉申报、重复申报和多头申报。各级财政部门或主管部门都要建立农业专项资金项目库和建立专家评审制度。
第十七条 财政部门或主管部门按评审制度组织有关专家，或委托专门的项目评审机构对上报的项目进行评审，出具评审报告；依据项目评审报告，将符合规定的项目纳入项目库，择优选择，滚动管理。
第十八条 农业专项资金实行规范化分配，由财政部门或主管部门依据专家或项目评审报告对项目资金进行分配。对暂不具备组织评审的部门农业专项资金，按因素法、公式法办法进行分配。
第四章 农业专项资金的使用
第十九条 主管部门必须严格按照批复的农业专项支出预算，列出具体用款计划，按进度及时办理资金使用相关手续。如无特殊情况，各项资金必须于当年９月底前下达各市、县。
第二十条 农业专项资金的使用应实行项目管理。中央农业资金项目，按中央文件规定确定主管单位、组织实施单位。省级农业资金项目，由省主管部门和财政部门负责管理，项目所在市、县主管部门和财政部门具体实施。中央、省、市、县配套项目，按立项部门确定主管单位。
第二十一条 项目单位应根据财政部门或主管部门批复的项目预算，组织项目实施。
第二十二条 项目所在地财政部门或主管部门应实行合同管理，要与项目单位的法人代表或负责人签订目标责任书，明确各自的权利和责任。
第二十三条 通过财政补助市县的农业专项资金，由财政部门统一编号办理资金分配文件；中央部门通过主管部门下拨项目资金的，按项目资金拨付规定进行。
第二十四条 项目所在地的财政部门或主管部门按照工程进度拨款，监督项目实施单位的资金使用。对项目资金实行报账制管理办法（参照扶贫资金报账办法）。
第二十五条 农业专项资金项目建设可实行招投标制和政府采购办法。
