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农产品安全研究与监测中心：实施绿色食品生产环境的调控，开展农药残留监测、检测及机理研究；加强农业资源和生态环境监测和监控；开展生产、加工、保鲜、贮藏、包装、运输等五一节的食物安全标准操作、检测、监督系列技术研究，建立食物安全的生产、加工、流通操作、检测、监督体系；根据国家有关规定，研究转基因食品的鉴别技术和安全性评价方法。
种质资源保护研究开发中心：重点开展国内外优异种质资源收集与引进，扩大遗传背景研究，发掘和创建具有提高产量潜力、改进品质性状以及抗生物性与非生物性障碍的优异种质和特异基因资源，建立健全种质资源圃、基因库和种质资源信息系统，利用现代生物技术、核辐射技术、航天技术等人工诱变技术方法创造新的种质资源。
生物农药、肥料及生物防治工程技术研究中心：重点开展高效、低残留（化学生物）农药、作物生长调节剂和新型高效专用复合肥、叶面肥的开发；城郊农业和设施农业中的无公害生产和病虫草鼠害综合防治技术的研究；应用高新技术进行微生物肥料和农药的研制，争取在高效利用优质基因、高效水肥利用基因等方面取得一定进展；开展基因工程疫苗、生物有机肥料、生物调节剂等生物技术产品的研究与开发。
农副产品深度加工技术研究开发中心：研究和开发农副产品深加工的现代高新技术和前沿技术。包括酶工程技术，生物工程技术，膜分离、超高压及超临界萃取技术，玻璃化冻结贮藏技术，超微粉碎和真空技术等在农副产品加工中的应用，为全省农副产品加工提供技术支撑和技术服务。
食用菌工程技术研究开发中心：重点开展食（药）用菌新品种选育，珍贵食（药）用菌有效成分提取与应用研究，珍稀食用菌的研究开发，食用菌高效优质及工厂化周年栽培技术研究；菌草技术研究，谷杆两用稻优质稻草栽培食（药）用菌的高效技术研究等。
－－加强农业重点学科和农业重点实验室建设。在建成原有的七个农业重点实验室的基础上，新建农作物抗性研究、高等真菌生物工程研究、海洋生物工程研究等重点实验室。
－－筹建东南生物技术园区。以农业生物技术、海洋高技术、医药生产技术为重点，开展农业高新技术研究与产业化开发，培育一批农业高新技术企业，形成具有福建特色的农业高新技术产业基地。
－－建立农业科技园区。突出福建优势，通过外引内联，依托省内外、国内外农业高等院校、科研机构，建立农业科技园区，以农业科学技术研究、高新技术应用开发和成果中试、转化为重点，引进、培植农业高新技术企业，发展具有福建特色和优势的花卉、水果、茶叶等产业及其闽台农业高新技术的辐射和示范基地。
－－继续加强星火技术产业带建设。重点扶持一批星火科技龙头企业、农村区域性支柱产业和星火技术密集区，发挥其示范和辐射作用，促进农业的工业化和农村的城镇化，促进农业现代化和农村小城镇建设，加快农村劳动力转移。
（十六）深化农业科技机构改革
根据农业科技涉及学科多、公益性、区域性强的特点，在省财政继续保留农业科研院（所）事业费的基础上，将农业科技机构分为几类，采取不同的方式加以支持。
－－基础性、公益性农业科技机构按非盈利机构运行和管理，政府以项目和基地的形式给予支持。从事农业基础研究、高技术研究、农业资源保护等公益性研究，以及农业基础性工作的机构，在优化结构、分流人员、转变机制的基础上，经省科技厅、省财政厅、省编办等有关部门认定后，按非盈利机构运行和管理。这类机构中有面向市场能力的部分，也要向企业化转制，并逐步与原机构分离。这类机构由政府通过项目或基地形式予以支持。
－－具有面向市场能力的农业科技机构，逐步转变为科技企业或进入企业，自主经营、自负盈亏、自主发展。农业科技机构中从事种子、化肥、花卉、农药和农产品加工等开发经营的机构，要逐步从农业科技机构中分离，逐步转变为科技企业或进入企业，各级政府要创造良好的发展环境，在基础设施建设、设备购置、资金、税收和贷款等方面给予支持，逐步使有条件的农业科技机构转变为企业。转制后的农业科技机构仍可通过竞争的方式承担政府下达的科技任务。
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