流域内各地州和有关方面的年度用水计划，由常委会与各地州和有关方面在正式年度用水总量定额之内协商确定之后下达执行。
第十八条 确定正式年度用水总量定额，建立用水分配体系，必须考虑下列指标和要求：
（一）源流补给干流的水量；
（二）地下水资源补给及河流水系的水文特征；
（三）源流与干流生态环境的需水量；
（四）年径流量和年际变化规律及其对干流生态环境的影响，以及水量减少对干流生态环境不产生负面影响的时段；
（五）单位用水量定额、渠系输水效率和水的利用系数的现状；
（六）水资源开发潜力及预期社会经济效益；
（七）水资源的综合利用和统一管理对引水、输水和用水效率的提高程度，以及水资源开发利用与地州经济发展的可持续性。
第十九条 流域综合规划由常委会执行委员会会同有关部门、机构和流域内各地州及有关方面编制，经常委会审查同意，按国家和自治区有关规定报请批准后执行。
第二十条 塔里木流域实行取水许可制度。流域内一切利用水工程或机械提水设施直接从河流、湖泊和地下取水的单位及个人，必须依法申办取水许可证，缴纳水资源费，并依照规定取水。
塔里木河干流河道管理范围内取水许可的审批、发证和水资源费的征收，由塔管局组织实施；流域内其他区域的取水许可的审批、发证和水资源费的征收，由常委会授权县级以上水行政主管部门组织实施，并受常委会的监督。
第二十一条 各级水行政主管部门和其他有关部门，应当执行国家和自治区有关水污染防治和水质管理方面的法律、法规，加强监督管理，防治水污染，保证流域内水环境质量符合国家和自治区规定的标准。
第二十二条 塔管局应当在与各地州和有关方面充分协商的基础上，制定包括源流和干流重要控制性分水工程在内的用水调度管理办法，经常委会审定后执行，并建立水文、气象及有关信息数据库，加强对流域内主要节点水量和水质的监控。
流域内水管理机构和水文、气象等部门应当定期向塔管局报送灌、排水计划和水文、气象、水量、水质、水土流失监测以及实施取水许可制度等各种信息数据、资料。
