委员会的主要职责是：
（一）负责贯彻执行《
中华人民共和国水法》和《新疆维吾尔自治区实施〈水法〉办法》等法律、法规及本条例；
（二）负责组织编制、审查流域综合规划，审定各地州和有关方面的年用水总量定额、年用水限额及年度用水总量计划；
（三）负责组织和管理流域内实行取水许可制度和征收水资源费工作；
（四）负责防汛抗旱、计划用水、节约用水、水土保持、水环境保护及工程供水工作；
（五）负责水工程的建设与管理；
（六）负责河道的规划、建设、整治和保护的管理，组织编制和审定源流和干流重要控制性分水工程用水调度管理办法；
（七）负责引进、推广水资源开发利用、节约用水的先进科学技术和管理经验；
（八）负责协调处理流域内的水事纠纷；
（九）负责审查或批准流域内的水资源开发项目，并审批项目投资概算（不含地州投资项目）。
第七条 常委会是委员会的决策机构，对塔里木流域水资源开发、利用、保护和管理方面的重大事项进行及时有效的决策。
第八条 常委会由主任、副主任和委员组成。主任由自治区常务副主席兼任，副主任由主管水利工作的副主席兼任，委员由自治区人民政府秘书长和计划、财政、水利、环境保护、土地管理等行政主管部门负责人、克孜勒苏柯尔克孜自治州、巴音郭楞蒙古自治州政府以及和田地区、喀什地区、阿克苏地区行政公署的行政首长、塔管局局长和有关方面负责人组成。必要时，经常委会决定，可以增补委员。
第九条 常委会行使决策职权以会议的方式进行。常委会每年至少召开两次会议。常委会作出决议、决定，应当由应到会人员过半数通过。常委会的会议应作会议记录，存档备查。会议的决议、决定应当及时通知地州和有关方面。
第十条 常委会每年至少向自治区人民政府报告一次工作。
第十一条 常委会负责审批塔管局呈交的工作报告和规划、计划、项目和预算报告。
第十二条 执行委员会是常委会的执行机构，在常委会闭会期间代表常委会行使职权，负责监督和保证常委会决议、决定的贯彻执行，并在常委会授权范围内制定政策，作出决定。
