（四）负责干流区域内节约用水的专业管理，按国家及自治区规定开展取水登记，实施取水许可制度，负责征收干流区域内的水资源费和水费；
（五）负责协调处理塔里木河干流区域内地州之间、地州与兵团有关师（局）之间，各行业之间的水事纠纷；
（六）负责干流区域内水资源的保护工作，开展水科学研究、生态环境研究，会同环保、林业、土地、畜牧、农业、气象等部门共同对生态环境进行监测管理；
（七）负责预审干流区域内大中型水利骨干工程的规划、设计和科研实验等工作，监督、检查各主要工程实施情况；
（八）对本流域内地方、兵团有关师（局）及其他行业的水利工作进行业务、技术服务，组织学术交流，开展科研和技术合作等；
（九）承担塔里木河流域管理委员会及自治区水利厅授权交办的其他事宜。
第三章 用水管理
第十二条 根据批准的塔里木河流域规划，实行计划配水制度。
第十三条 塔里木河干流区实行取水许可证制度，各用水单位和个人必须依法办理用水登记，领取取水许可证。严禁擅自开渠堵坝引水，违者视其情节追究法律责任。
第十四条 凡从塔里木河直接取水及从塔里木河河道管理范围内提取地下水，一律按规定交纳水资源费。使用拦、蓄、调、引、提、排等水工程调节的水，应按规定交纳水费。
第十五条 自塔里木河直接取水的渠道应有控制设施。无控制设施或控制设施失效超量引水的，按超引水量的３倍以上加收水资源费。情节严重的可停止其取水。
第四章 河道管理和水工程管理
第十六条 禁止在干流和支流上设置障碍物。确有需要设置的，必须按照申报程序，经流域管理局批准后，方可设置。
第十七条 修建过河建筑物应经流域管理局审查工程设计后方可动工。
第十八条 河道管理范围：有堤防河段的管理范围为两岸堤防之间的水域、沙洲、滩地（含可耕地）和两岸堤防及护堤地；无堤防河段的管理范围为两岸最高洪水位以内的范围。
