（三）提高阶段：从２００１年到２０１０年，川区各县以村为单位全部实行合作医疗，山区各县以村为单位７０％以上实行合作医疗，全面实现总体目标确定的任务。同时，努力提高合作医疗的水平，并引导合作医疗逐步向医疗保险过渡。
三、发展和完善农村合作医疗应坚持的基本原则
（一）自愿量力，民办公助。合作医疗是符合我国农村实际，广大农民互助共济性质的医疗保健制度。要在广泛宣传动员的基础上，坚持群众自愿参加、政府积极引导和适当扶持的原则。合作医疗资金的筹集以个人缴纳为主，集体投入为辅、政府适当支持。在乡统筹的计划生育卫生费中提取一定数额，提取乡镇企业净利润的１％，用于农村合作医疗；在村提留的公益金中，川区按每人每年１元、山区按每人每年０．５元筹集资金（五保户合作医疗资金的缴纳由民政部门统筹解决），用于农村合作医疗；各市、县（区）财政按农业人口年人均１至２元安排经费，由乡政府统一管理，专项用于农村合作医疗补助。农民自愿缴纳的合作医疗费，属于农民个人消费性支出，不计入乡统筹、村提留。各地在扶贫资金中也要有适当比例用于合作医疗。
（二）以收定支，保证受益。合作医疗资金的承付要科学测算，量入为出，以收定支，留有余地。要合理确定合作医疗资金中补偿基金、风险基金、储备基金和管理费的比例，使合作医疗资金主要用于群众医疗、预防、保健费用的补偿，保证取之于民、用之于民。各地应根据合作医疗资金的筹集情况来确定合作医疗的内容和补偿范围，并根据当地实际，按照不同的就诊层次（村医疗站、乡卫生院、县医院）、不同的就诊形式（门诊、住院），确定不同的补偿比例。补偿要有限额，不宜全包全免。在对患病群众给予补偿的同时，要通过体格检查等形式对健康人群进行医疗预防和保健服务，使农民群众有病能受益，无病也能受益，调动农民参加合作医疗的积极性。
（三）因地制宜，形式多样。各地要结合本地经济发展、卫生资源、群众需求等不同情况，实行不同形式的合作医疗。在合作形式上，可实行合医不合药、合药不合医、合医亦合药、单项保偿、大病统筹等形式。根据我区实际，条件较好的地区，提倡合医亦合药，贫困地区应以计划免疫保偿和大病统筹为重点。在补偿机制上，可根据实际采取补小不补大（只对患小病的医药费按比例补偿），补大不补小（小病患者自理，大病费用给予适当比例的补偿），补大亦补小（无论大病小病均给予一定比例的补偿）等形式。无论采用哪种方法，大病、小病的标准应明确具体。在管理形式上，提倡采取乡办乡管，即以乡为单位举办合作医疗，由乡合作医疗管理委员会统一筹集，管理合作医疗资金。这样既有利于加强管理，又有利于提高抗风险能力。也可以采取村办村管、村办乡管、乡办县管等形式。
（四）加强管理，民主监督。合作医疗资金是农民群众的保命钱，必须管好用好，取信于民。各地要制定合作医疗章程和有关的规章制度，切实加强对合作医疗的管理。合作医疗资金要做到专户储存、专款专用、凭据承付、帐目公开。尤其要防止拿合作医疗当人情和干部多用多占等现象的发生。各级合作医疗管理委员会要定期向同级政府和上级合作医疗管理组织报告工作，向群众公开合作医疗资金的使用情况，接受群众监督。审计部门要定期审计合作医疗帐务。建议人大、政协加强对合作医疗的监督。
