第十五条 环保补助资金应按下列规定使用：
（一）８０％主要用于缴费单位治理污染源。其中：省级收入，５５％补助缴费单位，２０％交省作治理专项基金，５％作环境目标责任制奖励；市级收入，７０％补助缴费单位，５％留市作治理专项基金，５％作环境目标责任制奖励；区级收入，由区环保部门会同财政部门审核缴费单位或其主管部门治理方案后给予补助，也可参照市级收入的分配比例执行。
排污单位应坚持“谁污染谁治理”的原则，首先利用本单位自有财力，确有困难的，经过主管部门签署意见，可申请使用治理污染源补助资金。各主管部门也可申请统筹安排，集中使用。各单位和部门申请时，应按规定向市、区环保部门提交书面报告，并附经论证的治理方案，以及资金来源、项目预算、工程计划资料，分别由市、区环保部门会同财政部门审定；中央部属和省单位，由市环保部门审核汇总后报省审定。
（二）２０％由环保部门安排使用。其中：省级收入，属市收的，６％交省环保部门，１４％由市环保部门提出用款计划，经省环保部门审定；属区代收的，６％交省环保部门，１４％市、区环保部门各按７％，统一由市环保部门提出用款计划，经省环保部门审定。市级收入，由市环保部门提出用款计划，经财政部门审定；属区代收的，市、区环保部门各安排１０％，由市环保部门提出用款计划，经市财政部门审定。区级收入，由区环保部门提出用款计划，经区财政部门审定。
在“四项收入”中，省级部分，由市环保部门提出用款计划，报省环保部门审定后使用；市级部分，由市环保部门提出用款计划，经市财政部门审定后使用（以上省、市两部分，属区代收的，由市环保部门根据各区情况给予补助）；区级部分，由区环保部门提出用款计划，经区财政部门审定后使用。
第十六条 治理单位使用治理污染源资金，应按环保部门审定的治理方案和工程计划实施，各级环保、财政部门和建设银行有权检查工程进展和资金使用情况，发现不按计划施工或资金使用不当时，应停止拨款或追回补助资金。治理项目竣工，经试运行监测合格后，主管部门应及时审核，将监测验收报告和项目结算书报送环保部门并组织验收。
第十七条 各级环保部门应根据有关规定，按季和年度组织排污费会计结算，逐级编制、汇总上报会计报表，并报送同级财政、审计部门审查。
