第十三条 农业发展基金实行先筹后用、量入为出、先收后支的原则。按财政体制实行分级管理，按规定编制年度预算和决算。收入按资金来源分别反映在国家预算有关收入科目。按收入入库进度拨款，支出在国家预算支出科目“农业发展专项资金”款中反映。年终结余，结转下年，继续使用。
第十四条 农业发展基金的安排使用，必须按照国家财务制度的规定，由主管部门及受援单位编报年度预决算，月报、季报，各级财政部门根据本地区各单位的基金财务年度预决算，月报、季报，逐级汇总上报省农业开发领导小组和省财政厅，同时抄报领导小组各成员单位。
第十五条 省级无偿补助各地的资金，列入各地预决算；有偿扶持各地的资金，列入省级预决算。不论有偿或无偿的资金各级财政都要加强监督管理。
第十六条 省财政有偿扶持的资金（一般占５０％），由各地、州（市）财政统借统还，统一管理，按签订的合同规定或协议指定的还款期限及时足额归还。到期不还的，由省财政从应拨给各地的农“口”专款中扣还，同时不考虑上新项目，扣款方法为直接通过预算划转拨存省级农业发展基金帐户，同时通知各地财政和用款单位。
第十七条 省农业发展基金安排的项目，地、县要按比例（即：省５０％，地、县５０％）匹配资金。匹配资金不落实的地、县，省级财政不予拨款。各级的匹配资金来源于筹集的农业发展基金，各级申请无偿补助的项目，须经同级政府或农业开发领导小组同意，财政部门签证，匹配资金有保证方可上报，否则不予立项。
第十八条 各级政府要支持财政部门加强农业发展基金的预算管理和财务监督，严格执行各项财务规章制度。各级监察、审计、银行等部门要协助财政部门共同做好农业发展基金使用、监督工作。各有关部门都要在各自主管的业务范围（包括资金配套、物资供应、技术支援等）积极支持农业综合开发工作。项目完成后，要根据项目批准时（或合同）要求达到的各项指标，组织有关部门进行验收。
第十九条 各地县可根据本办法，结合本地实际情况，制定实施细则，并报省农业开发领导小组备案，同时抄报领导小组各成员单位。
