粮食财务下放地、州、市、县（市、区）管理后，各级政府必须加强对粮食财务工作的领导，粮食财务核算及其盈亏处理，按照各级现行财务管理体制和财会制度规定纳入同级财政管理。要不断完善粮食财务管理办法，坚持政策性业务与商业性经营分开核算，政策性业务由县市粮食局统一管理，统一经营，集中核算，基层企业实行代理制；企业代理政策性业务与开展商业性经营，实行独立核算，自负盈亏。
各级政府要根据省政府对粮食事权的划分，具体确定政策性业务定额补贴范围和项目，按照合理费用加微利的原则制定补贴标准，不得以财政困难为由，对粮食补贴搞“指标包干”，将应由地方政府承担的政策性亏损转嫁给粮食企业。要明确补贴来源，稳定补贴渠道。其费用补贴来源：１、列中央财政、省财政预算的国家储备粮油费用补贴、国家和省专项储备粮油费用利息补贴、军供粮补贴以及列地、州、市、县财政预算的地方储备粮油利息、费用补贴等；２、１９９５年省财政下放到地、州、市粮食补贴基数；３、政策性粮油购销顺差。对粮食财务体制下放的补贴基数和应由当地政府自行负担的粮食补贴，要足额安排财政预算，不得留有缺口，不得挂帐。列中央预算的补贴，按中央规定的拨补渠道拨补。列省以及省以下各级财政预算的，由财政部门通过在农业发展银行及其代理行设立的粮油政策性补贴专户逐级下拨。任何部门不得以任何借口截留、挪用，违者由上一级财政部门负责在预算中扣回直接转拨给粮食企业，并追究有关部门责任。粮食补贴款实行按季预拨，年终清算。因补贴不及时造成占用银行贷款的利息支出由责任单位承担。
经清理核实的１９９２年３月底以前的政策性挂帐除应由地市政府负担的部分外，其余由省政府承担，挂帐利息由中央根据消化进度拨补；１９９２年４月到１９９４年底的挂帐经同级财政、审计清算，划清责任，并全部划到县市粮食局集中管理，专户核算。政策性挂帐根据省政府确定的消化方案由各级分别筹集资金予以弥补；经营性挂帐由企业自行消化。１９９５年起哪一级出现新挂帐，由哪一级负责消化。
各级政府和财政、粮食部门要积极筹集消化挂帐资金，按时完成中央规定的消化挂帐任务，从１９９６年起的５年内，企业实现的利润按照《
商品流通企业财务制度》规定，首先用于消化企业财务挂帐。
财务分帐、核算分开是搞好两线运行的关键。粮食主管部门要加强对粮食财务工作的领导，配备与业务相适应的财会人员。各级粮食主管部门和大中型粮食企业应按照国务院的要求设置总会计师，切实加强两线运行粮食财务管理工作。
三、建立内部结算中心，加强资金管理
