基金使用坚持“谁受淹没，谁来使用，用于移民，扶持移民，稳定库区，繁荣库区”的原则，并规范使用范围和管理办法。
（一）扶持移民发展生产，安置移民剩余劳力就业项目的专项补助或投资；
（二）建立省、县（区）库区生产开发专项周转金；
（三）解决库区遗留问题（含政府研究解决库区遗留问题的专项款）；
（四）补助、扶持特困移民户；
（五）库区防汛抢险、防震减灾工作经费（按基金总额的１％计提）；
（六）推广科学技术、建立库区社会化服务体系，提高移民素质、科技兴库专项经费（按基金总额的５％内掌握使用）；
（七）省、县（区）库区移民后期扶持管理和基金使用监督审计等工作经费（按基金总额的３％计提）；
（八）负责征收的主管单位按年征收总额的１％计提手续费，并由财政专户中直接核拨。
三、基金的使用管理。
基金的使用管理实行“抓大放中，统筹安排，统分结合，分级负责，专款专用”的原则。资金使用坚持以项目带资金，充分发挥资金的使用效益，并要加强资金的计划管理、财务管理和审计监督检查。
（一）大型水电站（如水口水电站、沙溪口水电站）提取基金，按省库区办统一掌握４０％，有关县（区）掌握６０％的比例，划分省管项目和县（区）管项目安排使用。
（二）中型电站提取的基金，全额归有关县（区）按规定掌握使用。
（三）年内按以上规定比例安排给有关县（区）掌握的基金，原则上应以淹没涉及县（区）的移民人数和册内耕地为基数计算。
１、水口水电站基金各县（区）分配的比例：（１）延平区５６％，（２）南平市７％，（３）古田县２５％，（４）尤溪县８％，（５）闽清县４％；
２、沙溪口水电站基金各县（区）分配的比例：（１）延平区３４％，（２）沙县６６％；
３、中型水电站和水库基金各县（区）分配的比例另定。
（四）有关县（区）掌握管理的资金，各县（区）可根据实际情况，实行无偿与有偿相结合的管理办法，通过有偿使用，建立库区开发性生产周转金制度。基金用于扶持移民、安置移民发展生产资金不得低于年度各县（区）掌握资金数的６０％。涉及淹没县（区）的贫困乡（镇）、村可设立扶贫专项款。
四、基金使用计划管理和财务管理。
