北纬２４°３４′０５″，东经１１８°２４′１０″；
北纬２４°３３′１０″，东经１１８°２５′００″；
北纬２４°３２′００″，东经１１８°２１′３０″；
北纬２４°３１′２０″，东经１１８°２２′１０″。
第四条 厦门市海洋管理处是本保护区的主管机关，保护区管理机构是保护区的综合行政管理部门，负责日常工作。其主要职责是：
１、贯彻执行国家有关海洋自然保护区的方针、政策；
２、执行本管理办法，根据本管理办法制定保护区管理措施和规章制度并监督实施；
３、制定本保护区总体建设规划和年度计划，并组织实施；
４、组织开展本保护区的调查监测和科学研究；
５、保护和恢复保护区生态环境，建立工作档案。
第五条 在保护区内的开发利用活动实行许可证制度（包括科学研究、教学、考察，以及从事生产经营的各种开发利用活动）。许可证由保护区管理机构颁发。
第六条 本保护区实行核心区、实验区、缓冲区分级管理。
核心区包括黄厝海区、南线至十八线海区和小嶝岛海区，实行封闭式保护。严禁任何危害文昌鱼资源及其栖息环境的开发利用活动。
实验区为鳄鱼屿海区，进行有控制的开发和科学研究。
缓冲区为保护区陆域部分。在该区内进行开发建设应先征得保护区管理机构及市政府主管机关同意。
第七条 在保护区内禁止任何单位和个人从事下列活动。
（一）兴建排污口，倾倒废物或排放有毒、有害物质；
（二）投掷爆炸物品；
（三）未经许可捕捞、采集文昌鱼；
（四）擅自移动、搬迁和损坏保护区设施和标志物；
（五）擅自设置建筑物及其他永久性设施；
（六）其他直接或间接破坏海洋生态环境，损害海洋生物资源的行为。
第八条 在本办法公布前已有的排污口以及对保护区有污染影响的设施，由保护区管理机构协助市环境保护主管部门予以妥善处理。
第九条 在本保护区从事科学和教学等活动的单位和个人，均应将取得的成果（包括图表、照片、录像、资料、论文等）副本或影印件交保护区管理机构存档，标本的采集应按保护区管理机构的规定进行。
