一、管委会是开发区的领导与决策机构，受国家科委、厦门市政府领导。
二、管委会设主任一名，由厦门市分管科技工作的副市长担任。副主任及委员由双方委派。主要由厦门市各委、局、办的领导担任。
三、管委会职责：
（１）组织研究并提出开发区发展战略、方针、政策及有关法规、条例，报国家科委和厦门市政府批准后，组织实施。
（２）组织编制开发区发展规划，确定厦门火炬高技术产业建设发展公司（以下简称火炬公司）的经营方针。
（３）筹措资金，开辟国内外合作渠道。
（４）审定进入开发区的高新技术产业项目。
（５）指导、监督开发区产业发展方向和协调、服务项目实施。
（６）审批、修改火炬公司章程。
（７）聘请任免火炬公司总经理，并按干部管理规定程序申报任免。聘请高级专家和顾问。
（８）审定火炬公司年度计划和财务预决算。
（９）向国内外发布开发区重要信息。
（１０）行使市政府赋予的其他职责。
四、管委会认为有必要时，可设立评审委员会。作为管委会评估进入开发区高新技术项目时的咨询、论证机构。评审委员会的成员均为兼职，由管委会聘任。
第六条 厦门火炬高技术产业开发区管理委员会办公室（以下简称管委会办公室）。
一、管委会办公室负责管委会的日常工作。国家科委和市政府有关开发区的文件、指示和开发区内企业报管委会的有关事宜由管委会办公室受理。
二、管委会办公室主任由任市科委主任的管委会副主任兼任。办公室设若干副主任。办公室工作人员采用聘任制，根据需要可聘用临时工作人员。
三、管委会办公室设在市科委内，独立编制。
四、管委会办公室职责：
（１）协调各有关部门贯彻落实国家科委有关开发区工作的方针、政策。
（２）制定本开发区的发展战略、管理办法、规章制度和改革方案等报管委会和市政府审批。
（３）负责各开发区之间以及国家科委、火炬办的工作联系和信息交流，向国内外发布重要信息。
（４）审查进开发区的高新技术产业项目，报管委会批准。
（５）每年对已认定的高新技术企业考核一次，对不符合条件的企业，报市科委取消其高新技术企业资格。
（６）对在开发区内的工商、税务、审计、法律、专利、物资、金融、保险、信息咨询、技术市场、人才交流、培训中心等机构进行综合协调，使之正常高效运作。
（７）指导、协助火炬公司实现经营目标，定期检查财务计划实施情况。
