在闽江流域推行水污染物排放许可证制度，实行流域排污总量控制。闽江流域不得再发展高投入、高消耗、低效益、重污染的行业。任何地区、部门都不得以任何理由新上小造纸、小化工、小印染、小电镀、小制革等严重污染环境、破坏生态、浪费资源且经济效益低下的小型企业。现有这类企业分别由省、地、县三级政府结合技术改造，提高工艺技术水平，扩大生产规模，实施限期治理，有效治理污染。无法实施有效限期治理的，予以关停。
三、层层落实综合整治责任制
闽江流域各级政府必须对闽江流域环境质量和生态保护负责，各企事业单位以及省直各部门也必须依照法律法规的规定，对流域环境综合整治承担相应责任。必须把闽江流域环境综合整治纳入地（市）政府和部门环保目标责任制考核内容，并与城市环境综合整治相结合，任务层层分解，指标具体落实，并做为各级领导干部政绩考核内容之一。各地、市、县环委会，各级环保部门要加强协调和检查督促工作，及时上报贯彻执行情况。各地市、各部门及排污单位必须采取有效措施，按规定控制地区、行业或企业的排污总量。计划、财政、经贸、城建、工商、土地、电力、公安、及乡镇企业等各有关部门要依照各自职能，按整治任务分工落实基本国策，加强监督管理，配合完成流域环境综合整治任务。
四、依法治污，强化管理
必须认真执行国家有关环保法律、法规和省环境保护条例等地方法规，做到有法必依，执法必严，违法必究。同时，结合闽江流域实际情况，尽快制订“闽江流域环境综合整治条例”。
加强闽江流域环境与资源的执法检查，严肃查处违反环保法律法规的案件和重大污染事故，严厉打击毁坏资源、盗伐林木、污染环境、破坏生态以及阻挠执法的违法犯罪分子。对严重污染环境、破坏生态以及超标超量排放污染物的企事业单位由各级政府公布名单，实施限期治理。不能如期完成治理任务的，除予以经济处罚外，应实施限产、转产、搬迁、停业、关闭；供电部门可按省、市政府的批准实行限电和停止供电，工商部门可吊销其营业执照。对破坏流域生态，阻塞河道，污染水源的，必须限期恢复。
各级政府必须加强对饮用水源保护区等环境敏感区域的环境保护工作，依法查处违反环保法律的单位和个人。成立闽江环境监测站，加强对流域内排污单位污染防治设施运行管理和现场环境监督管理。
