６．建立各类生态功能保护区。我区的塔里木河流域，艾比湖湿地，准噶尔与塔里木盆地边缘，天山、阿尔泰山山区等重要水源涵养区，以及一些重要湖泊、河流、重要水源地、水土保持的重点预防保护区和重点监督区、防风固沙区等重要生态功能区，在保持区域生态平衡和生态环境安全方面具有重要作用。对这些区域的现有植被和自然生态系统必须实施抢救性保护，按照统一规划的要求，分别建立国家级、自治区级和地州（市）级生态功能保护区，在其中停止一切导致生态功能继续退化的开发活动和其它人为破坏活动。各类生态功能保护区的建立，由各级环保部门会同有关部门组成评审委员会评审，报同级政府批准。各级计划、农业、林业、水利、环保、国土资源等有关部门要按照各自的职责加强对生态功能保护区的管理、保护和建设的监督。
　　７．把生态良好区作为生态环境保护的重点区域，采取积极的保护措施，使这些区域的生态系统和生态功能不被破坏。物种丰富的伊犁河谷、天山、阿尔泰山林区、塔里木河中上游湿地、天山北麓冲积平原下游、渭干河流域、和田河上游胡杨林区等处，是我区重要的森林生态系统、荒漠生态系统及高原山地和典型荒漠野生动植物分布区，具有重要的保护价值，各地要抓紧对这些区域的调查，尽快建立一批不同类型的自然保护区。
　　８．加强资源开发的生态环境保护。切实加强对水、土地、石油天然气、矿产、森林、草原、旅游等重要自然资源开发的环境管理，严格资源开发利用中的生态环境保护工作。各类自然资源的开发，必须依法履行环境影响评价手续，执行“三同时”制度，资源开发的重点项目，应当编报水土保持方案，否则一律不得开工建设。
　　９．加强水资源开发利用的生态环境保护。组织制定自治区水资源保护和开发利用规划，对水资源采取最严格的管制措施。制定节水规划，加大节水力度，规范行业用水定额，实行定额用水和取水许可证制度。开发利用水资源要统筹兼顾，生产和生态用水综合平衡，合理配置。坚持开源与节流并重，节流优先，科学开源，综合利用，确保生态用水。在以农业为主的人工绿洲及其外围，生态用水与农业用水的比例应以１：３为宜，在以保护自然植被为主的地区，生态用水与农业用水的比例以３：１为宜，使综合生态用水不低于总开发水量的４０％。流域水利工程的建设要兼顾上、中、下游用水，坚决遏制和杜绝河流断流，确保流域生态用水。生态用水措施应与主体水利工程做到“三同时”，否则不得投产使用。在水资源缺乏的地区，要实行严格的节水措施，限制建设高耗水项目。在河道断流，湖泊萎缩、地下水超采的流域和地区，停止新的加重水平衡失调的蓄水、引水和灌溉工程。合理控制地下水开采，对地下水严重超采地区，划定为地下水禁采区。进一步加大工业废水治理达标力度，严禁向水体倾倒垃圾、工业废料，加快城市污水处理、垃圾集中处理设施建设，防止河、湖（库）及地下水污染。

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