十三、增加一条，作为第二十六条：“环境保护部门应当组织对水源保护区内饲养猪、牛、羊的清理和对有关养殖设施的拆除工作。有关区、镇人民政府、村民（居民）委员会负责具体的清理和拆除工作，有关部门应当予以配合。”
十四、第二十五条改为第三十条，增加一项，作为第（二）项：“违反本条例第十三条第（三）项的规定，向水库排放、倾倒污水的”。
增加一项，作为第（四）项：“违反本条例第十三条第（十）项的规定，毁林开荒，毁林种果的”。
删除第（四）项。
增加一项，作为第（六）项：“违反本条例第十九条的规定，在未划定为水源保护区的饮用水源地进行生产经营、开发建设和其他活动，未采取有效的污染防治措施的。”
增加一项，作为第（七）项：“违反本条例第二十三条的规定，生活污水、垃圾未经处理擅自排放的。”
增加一项，作为第（八）项：“违反本条例第二十四条的规定，将土地、建筑物、构筑物出租给他人从事本条例禁止的污染饮用水源的生产经营项目和活动的。”
十五、第二十六条改为第三十一条，第（三）项修改为“违反本条例第十五条第（三）项、第（四）项的规定从事畜牧业活动或擅自在水域内从事网箱养鱼和其他污染水源的养殖活动，或者在饲养、种植中不遵守法律、法规有关防治水源污染的规定的”。
十六、第二十七条改为第三十二条，其中的“由环境保护部门或有关行政主管部门”修改为“由水务行政主管部门”。
十七、第二十八条改为第三十三条，其中“责令停业或拆除”修改为“由环境保护部门责令停业或者由规划与国土资源行政主管部门依法拆除”。
十八、增加一条，作为第三十四条：“违反本条例第十三条第（九）项的规定，在水源保护区内饲养猪、牛、羊等家畜的，除依照本条例第二十六条的规定清理和拆除外，环境保护部门可以没收违法用品、产品和违法所得，并按养殖数量对违法行为人处以每头二百元罚款。”
十九、增加一条，作为第三十七条：“对有污染饮用水源行为，依法应当被吊销许可证或者营业执照的，环境保护部门可以提请有关行政主管部门依法作出处罚。
