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建立“开放、流动、竞争、协作”的科技运行机制。改革科技立项与委托制度，逐步实行招投标制；改革经费使用方式，逐步推行课题制；改革科技机构管理制度，积极探索实行理事会决策制、科学技术委员会咨询制、职工代表大会监督制；改革科技人员分配办法，按岗定酬、按绩取酬。
（十六）加大对农业科技的投入力度。提高现有科技经费使用效率，根据财力增长逐年加大对农业科技的投入力度。建立以政府投入为主导、社会投入多元化的农业科技投入体系，加大农业科技投入。
各级财政对农业科技投入的增长速度要高于其财政经常性收入的年增长速度。采取ＷＴＯ规则所允许的“绿箱”政策等形式，增加农业科技研究和科技成果转化资金。从２００２年起，省级财政在科技三项费每年增加２０００万元的基础上，再每年增加２０００万元农业科技投入，用于加强重点农业科技工作；同时，对国家批准立项的“中国西南野生生物种质资源库”和“国家中药现代化科技产业（云南）基地”建设项目中需要省配套的资金，根据公共财政原则，属于政府支持部分，纳入财政专项资金预算，逐年安排；确保省级财政对重大农业科技推广的投入每年５０００万元，对现代化农业示范工程的投入每年５０００万元，并根据财力增长逐年增加；各地（州、市）县财政也要相应增加对农业科技的投入，确保重点农业科技工作的顺利实施。
对涉及农业的重大工程项目，如水利工程、农业综合开发、天然林保护工程、退耕还林还草、农产品商品基地建设、扶贫开发、种子工程等要在工程预算中安排一定比例的科技专项费，用于与工程相关的科技工作。其经费仍由工程管理部门管理，组织农业科技人员参与相关的科技工作。
（十七）认真落实国家和省的农业科技政策。鼓励、吸引企业和其他社会力量增加农业科技投入，提高企业及社会力量在农业科技投入中的比重。鼓励大型农业企业、农业科技企业、乡镇企业将经营收入的一定比例用于农业科技研究开发工作；允许企业、个人等社会力量捐资设立农业科技专项资金，支持农业科技研究、开发、推广和鼓励农业科技人员。
对科研单位、企业或个人投资开发的、社会效益显著的、知识产权不易保护的农业科研成果，可采用政府后收购或补贴的办法。政府后收购或补贴办法按国家颁布的办法认真贯彻落实。
社会力量资助非关联的农业科技机构和高等学校研究开发新产品，其资助额可以全额在当年应纳税所得额中扣除。农业企业当年从事技术创新的费用，可全额计入生产成本。
转制为企业的农业科技机构，自转制之日起５年内，免征企业所得税和科技开发自用土地的城镇土地使用税。
对农业科研单位通过农业技术成果转让、技术培训、技术咨询、技术服务、技术承包所取得的技术性收入，５年内免征所得税。对直接用于农业科研、试验的进口仪器、设备，免征增值税和关税；对农业科研单位取得的技术转让收入免征营业税。
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