凡与基本农田保护区的划定和乡（镇）村建设规划有矛盾的零散居民点或其它非农业设施，应当按照乡（镇）村建设规划的要求进行迁并，迁并让出的土地应及时复垦。
第八条 各类非农业建设项目确需占用基本农田保护区内土地的，用地单位必须按照下列标准缴纳基本农田保护基金：
（一）占用一级基本农田保护区内土地的，按照该农田被占用前三年平均年产值的５倍缴纳基本农田保护基金；
（二）占用二级基本农田保护区内土地的，按照该农田被占用前三年平均年产值的３倍缴纳基本农田保护基金；
（三）占用三级基本农田保护区内土地的，按照该农田被占用前三年平均年产值的１倍缴纳基本农田保护基金；
（四）占用专业蔬菜地的应缴纳新菜地开发基金，不再缴纳基本农田保护基金；
（五）城市基础设施建设需占用基本农田保护区内土地的；可按本办法第六条规定的批准权限，向批准机关申请减、免交纳基本农田保护基金。
第九条 基本农田保护基金由人民政府负责管理，全部用于新、老基本农田保护区的建设与开发。一、二级基本农田保护基金由市土地管理部门负责收取。三级基本农田保护基金，由市辖区人民政府收取。使用时，由土地管理部门会同同级农业等部门共同编制使用计划，报同级人民政府批准。财政、审计、监察等部门负责对全市的基本农田保护基金的使用情况进行检查监督。
第十条 对适宜种植粮、油、棉等作物的基本农田保护区内的土地，不准改种果园、林木和其他多年生作物，不准开挖渔塘。因农业结构调整，确须改变基本农田保护区内土地用途的，由乡（镇）人民政府编制土地利用计划，属一、二级基本农田保护区的，由市土地管理部门会同同级农业、林业、水利、计划等部门及有关市辖区人民政府共同审查，报市人民政府批准，属三级基本农田保护区的，面积在１００亩以上的报市人民政府批准，面积在１００亩以下的由市辖区人民政府批准。
第十一条 任何单位或个人都有保护基本农田的义务，对违反基本农田保护区管理规定的行为有检举揭发的权利。对管理和保护基本农田有突出贡献的单位或个人，由市或市辖区人民政府给予表彰或奖励。
第十二条 基本农田保护区内的土地不得荒芜。凡承包基本农田保护区内土地的单位或个人造成土地荒芜一年的，属集体土地的由乡（镇）人民政府收取荒芜费，属国有土地的由市土地管理部门收取荒芜费，荒芜费的收取标准为该农田前三年平均年产值的２－３倍；连续二年荒芜的，由乡（镇）人民政府收回，另行安排承包单位或个人。荒芜费纳入基本农田保护基金中管理和使用。
