对清理检查出来的违法乱纪问题，根据“自查从宽，被查从严”的原则，按以下规定处理：
　　（一）对清理检查出来的违纪资金处理：
　　１．隐瞒财政收入，将预算内资金转移到预算外的，要限期如数追回上缴上一级财政。
　　２．违反国家规定擅自设立基金、行政事业性收费和罚没收入项目，随意扩大征收、处罚范围和自行提高执收执罚标准的，由财政物价等部门依法查处，责令立即停止执行予以纠正。其中，凡属自查出来的基金、收费项目，要将截止自查之日违法收取的基金、收费的滚存结余余额，全部上缴同级财政；凡属重点检查出来的，要将违法收取的全部资金上缴同级财政。
　　３．截留、转移、挪用预算外资金的，要立即如数追回，属于自查出来的，按国家规定的管理方式进行管理；属于重点检查出来的，按规定的预算级次全额上缴财政。
　　４．应当纳入财政管理而未纳入的各项行政性收费，属于自查出来的，要将截止自查之日的滚存结余余额按规定的预算级次上缴财政；属于重点检查出来的，要将收取资金的全额按规定的预算级次上缴财政。
　　５．未按规定纳入国家预算管理的各项罚没收入，无论自查还是重点检查出来的各类问题，都要将罚没款全额按规定的预算级次上缴财政。
　　６．未按规定将预算外资金缴存财政专户，无论是自查还是重点检查出来的，要限期纳入财政专户管理，逾期仍不执行的，依法通知银行划转。
　　７．对收费无票据或不使用规定的收费票据收取的资金，属于自查出来的，要将截止自查之日的滚存结余额按规定的预算级次上缴财政；属于重点检查出来的，要将收取资金的全额按规定的预算级次上缴财政。
　　８．对预算外资金和应当纳入财政管理而未纳入的各项行政性收费、罚没收入在使用中发生的乱支滥用等违法乱纪问题，要依照有关规定严肃处理。其中，对滥发奖金、津贴、补贴和实物的，要按规定计算、补征个人所得税；用于私设“小金库”的，要按财政部、审计署、中国人民银行《关于清理检查“小金库”的具体规定”（财监字〔１９９５〕２９号）处理，被个人贪污、私分的部分，必须如数追回；违反规定购置的交通工具、通讯设施，予以没收，公开拍卖后将收入按规定的预算级次上缴财政。
　　９．凡上级财政部门会同有关部门对下级进行抽查或复查发现的瞒报基金、收费项目等问题，要将其违纪金额全部收缴上一级财政。
　　（二）对发生违法乱纪行为的地区、部门和单位，以及对违法乱纪行为负有直接责任的主管领导和其他直接责任者，应当区分自查和被查的不同情况，依照国家法律、法规，分别从轻和从重给予经济处罚和行政处分；构成犯罪的人员，要依法追究刑事责任。

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