第三十九条 违反本条例第十五条第（四）项、第（五）项、第（六）项规定，毁坏水利设施、毁坏基本农田防护林、侵占或损坏基本农田保护区基本设施的，由水利行政主管部门或林业行政主管部门会同土地管理部门按有关规定处理。
第四十条 违反本条例第十六条规定，经批准临时占用基本农田期满不归还的，由当地土地管理部门责令复垦予以归还并赔偿被占地单位的经济损失，可并处每平方米５元至１５元的罚款。拒不归还的，没收复垦保证金并按非法占地处理。
第四十一条 违反本条例第十七条规定，截留、挪用、占用或擅自减免耕地造地费的，由市、县（市）人民政府财政、审计、土地等有关部门责令退赔或补交，并处以非法截留、挪用、占用或擅自减免款额１至３倍的罚款，对直接责任者由其所在单位或上级机关给予行政处分。
第四十二条 违反本条例第二十一条第三款规定，向基本农田提供肥料和做肥料的城市垃圾、污泥而造成土质污染的，由农业行政主管部门给予责任者警告或处以每吨５０元至１００元的罚款。
第四十三条 违反本条例第二十六条规定，造成地力下降的，由农业行政主管部门责令限期进行治理恢复。不按期进行治理的，由农业行政主管部门组织治理恢复，所需费用由承包者承担。
第四十四条 违反本条例规定，对直接责任者需要给予行政处分的，由土地管理部门提出处理意见，由所在单位或上级机关给予行政处分。
触犯刑律的，由司法机关追究刑事责任。
第四十五条 当事人对行政处罚决定不服的，可以按照《
行政复议条例》和《
中华人民共和国行政诉讼法》的规定，申请复议或向人民法院起诉。当事人逾期不申请复议或不向人民法院起诉又不履行处罚决定的，由作出处罚决定的机关申请人民法院强制执行。
第四十六条 基本农田保护管理人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的，由其所在单位或上级主管机关给予行政处分。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
