市整顿医药市场领导小组是这次清理整顿工作的领导机构，具体工作由领导小组办公室负责。办公室下设工业、商业、卫生三个小组。其具体职责是统筹规划、组织协调、检查进度，解决整顿中发生的问题，处理重大事宜，定期综合各小组的工作，并向市领导小组汇报，及时完成市领导小组交办的各项任务。
（一）工业组：由市医药局牵头，医药、卫生、工商、技术监督局人员组成。其职责是负责全市医药工作的检查和整顿。具体任务是：
１．负责对药品生产企业，严格按照《
药品管理法》及其实施办法和国务院国发〔１９９０〕２９号文件所规定的条件、程序进行核查工作。
２．负责对药品生产企业的生产条件，包括专业人员的配备、厂区设施、生产管理、质量管理、仓储管理等检查、验收工作。
３．负责检查药品生产企业生产品种、经营活动与医药主管部门（医药局）审查同意的、卫生行政部门（卫生局）审批的是否一致。
４．负责对药品生产企业违章、违照，生产和经营活动的查处工作。对发现的违法生产、经营药品的行为，由卫生、工商等行政部门进行查处。
（二）商业组：由市医药局牵头，医药、卫生、工商、市供销总社人员组成。其职责是负责对全市药品经营企业（重点是药品批发企业）进行检查整顿。具体任务是：
１．负责对药品经营企业，严格按照《
药品管理法》及其实施办法和国务院国发〔１９９０〕２９号文件规定的条件、程序进行审核工作。
２．负责检查药品经营企业经营条件，包括人员配备、经营措施、经营管理、质量管理、仓储管理等检查验收工作。
３．负责检查药品经营企业经营范围、经营方式与医药主管部门（医药局）审查同意的、卫生行政部门（卫生局）审批的及工商行政部门核发的营业执照是否一致。
４．负责受托代理药品经营企业和所供应的范围的组织工作。
５．负责检查督促市医药公司、市药材公司系统与医疗单位实行责任市场、计划供货、签订“四包”合同的落实以及受委托单位的协议执行情况。
６．负责对药品经营企业违章、违纪行为和药品经营活动中的不正之风的查处工作。
（三）卫生组：由市卫生局牵头，卫生、医药局有关人员组成。其职责是：负责对全市卫生行业的医疗单位的药品管理、制剂室及药房工作进行检查整顿。具体任务是：
