财政支农专项资金实行项目合同管理制度。所有财政支农专项资金都必须层层签定项目合同，一直到项目执行单位。项目合同要明确有关部门和项目单位的权利、义务和责任。
大额支农专项资金和重点项目资金要推行项目单位法人责任制。对单项财政补助金额超过２００万元的大额项目和市政府确定的重点工程项目，要建立项目资金行政法人责任制，签定项目法人责任书，项目单位的行政法人要对项目资金的合法有效使用负终身责任，发现问题首先追究项目法人的责任。
大额支农专项资金和重点项目实行项目完工报告制度和完工审计制度。项目完工后项目单位要报告项目完成情况、资金使用情况和预（概）算执行情况，连同社会监督部门或中介机构的审计报告一并上报同级财政部门。项目单位应自觉接受上述部门和监督部门的检查和审计。
四、对支农资金的执行必须进行有效的监督、检查，建立监督、检查责任制。
市级农口各部门支农资金的使用情况由市财政局农财处、市财政局监督检查处并请市审计局，每年开展一次以上的专项检查或专项审计；区县财政部门要负责区县支农资金（含市补专项资金）使用情况的检查，每年报告一次检查情况；市级农口企事业单位财务部门要主动与本单位审计部门相配合，做好内部审计和财务监督工作，每年至少对财政支农资金使用情况进行一次检查和审计，并将检查结果报市财政局。市财政局将会同有关部门对部分区县财政局和市级农口企事业单位的检查结果进行抽查。
从１９９９年开始市级农口企业单位的决算，全部交由社会中介组织进行审计。市级农口事业单位也要逐步实行财务决算由社会中介组织进行审计。对其审计情况，市财政局将会同注册会计师协会进行复审。
对各级财政部门、监督部门和中介机构通过正常审计程序可以发现而未能发现的问题，在追究项目单位有关责任人员的同时，要按照有关行业管理规定，会同市注册会计师协会等职能部门依法追究有关检查和审计人员的责任。
对检查和审计中发现的问题坚决按照有关规章制度进行惩处，追究有关责任人员的责任，违法违纪的单位和人员交由监察和执法部门，依法追究其行政、刑事责任。对重大违法违纪问题在全市进行通报。
五、继续加大支农资金管理的改革力度，不断引入市场化的管理机制，提高资金使用透明度，逐步做到公开、公平、公正，推进财政支农资金的制度化、程序化、规范化建设，自觉接受公众和社会舆论的监督。一是加大支农专项资金政府采购的力度，严格按照《
北京市政府采购办法》的规定，将所有适合政府采购的支农资金全部纳入政府采购范围；二是对部分工程项目和科研课题实行全社会公开招标；三是对重点支农项目和资金安排，组织专家论证，建立项目评估论证制度；四是探索运用市场规律，建立支农资金投入新机制，引导信贷资金和社会资金加大对农业投入的力度，增强财政资金的导向、调控作用。
