各级财政部门和农口企事业单位财务部门是财政支农资金的管理部门，所有财政支农资金必须纳入财政和财务管理范围，接受财政、财务部门的监督。市财政局负责市级支农资金预算编制、执行和监督、检查工作。其核拨给市级各部门的财政支农资金管理、使用和监督检查的责任由市级农口各单位财务部门负责；核拨给各区县的财政支农资金的管理、使用和监督检查的责任由区县财政局负责。
市级农口企事业单位要根据《企业财务规则》、《事业财务规则》和《会计准则》等国家有关财政财务法规，建立和健全本部门、本单位的财务制度和会计制度，并报市财政局备案。同时，督促指导本部门、本单位下属企事业单位和区县本行业各单位的财务制度和会计制度的制定和管理工作。有条件的单位要同市财政局一道推行会计委派制，从体制上保证财会人员依法履行财会监督职责，提高会计信息质量，为领导决策保驾护航。区县财政局也要按照市财政局的规定要求所属的企事业单位制定财务制度和会计制度。
近几年来，我们先后制发了《关于推进农业现代化、加快农民致富步伐若干政策和意见》、《
北京市财政支持农业抗灾救灾资金使用管理暂行规定》、《北京市水库移民扶助金征收使用和管理办法》、《防汛岁修费使用管理暂行办法》等一系列财政支农资金使用管理办法，规定了具体的资金管理、监督、使用的意见，各部门、各区县必须遵照执行。
三、财政支农专项资金必须实行项目合同管理。
支农专项资金的管理依据现行的有关办法，实行项目申报制度。项目的申报由项目单位提出，经各级财政部门和主管部门审核后，报市财政局。项目申报材料应包括项目规划、年度实施计划、项目预（概）算、资金来源、可行性报告及效益预测。申报材料不齐全的项目，今后一律不安排项目资金。
支农专项资金的审定由市财政局依照有关专项资金管理办法的规定进行审定。财政支农专项资金一经确定，各级财政和各单位财务部门应做好资金核拨工作，市财政局核拨资金后，各主管部门、各区县必须在４０天内将资金拨付到项目单位，对于需按工程进度拨款的项目，要按进度及时核拨资金，确保资金及时到位。市级支农专项资金的核拨，市财政局要向市政府负责，区县财政部门及市级农口各财务部门要对市财政局负责。市级农口企事业单位和区县财政局要相应建立明确的资金管理使用责任制。
