第十一条 林业部门负责退耕还林（草）、天然林保护、“三北”防护林四期工程总体规划、计划的编制和实施指导，会同畜牧业和水利部门负责京津风沙源治理工程总体规划、计划的编制，并负责该项目农区、半农半牧区工程的实施指导。
第十二条 畜牧业部门负责天然草原植被恢复建设与保护工程总体规划、计划的编制和实施指导，参与京津风沙源治理工程总体规划、计划的编制，并负责该项目牧区工程的实施指导。
第十三条 水利部门负责水利保重防治工程总体规划、计划的编制和实施指导，参与京津风沙源治理工程总体规划、计划的编制，并分工负责该项工程中各项水利工程的实施指导。
第十四条 自治区环保局负责生态建设项目的环境影响评价，制定生态建设项目的生态环境评估办法并监督实施。
第十五条 自治区林业厅会同财政厅、农发行、粮食局负责退耕还林（草）补助粮食的发放。
第十六条 盟市负责协调落实自治区下达本盟市的生态建设任务；审核旗县实施方案；下达旗县年度投资计划；督查各旗县的组织施工、项目管理、资金拨付、财务管理、中期检查、竣工验收等项工作。各盟市可参照自治区的部门职责分工确定本地区各有关部门的职责。
第十七条 旗县是生态环境保护与建设的基本建设单位，旗县政府对生态环境建设项目的实施负全责并实施综合治理，旗县长是第一责任人。
第十八条 各旗县负责编制本旗县的总体规划，按规划和自治区的要求编制实施方案，按实施方案编制工程设计，按工程设计组织施工。年度实施方案的工程内容由自治区各项工程主管部门确定。
第十九条 各旗县政府要按照自治区各项工程主管部门的要求建立生态环境保护与建设领导责任制、合同制、监理制、报帐制、竣工验收制和招投标制等制度，各项制度的具体内容和操作办法由自治区各项生态工程主管部门制定，按制度要求规范施工组织、工程质量、技术标准和项目区管护等各个建设环节，明确各有关部门和苏木乡、嘎查村的责任、权利和义务，并签定责任状。合格后发放林草权属证。
