十三、对挤占、挪用、抵扣退耕还林还草工程资金问题的处理
林业、财政、粮食等行业主管部门截留、抵扣退耕还林还草工程资金，用于平衡预算或弥补经费不足的，或者项目实施单位挤占、挪用、串用工程资金的，按照《暂行规定》第五条第（三）款规定，限期追还被侵占、挪用的资金，及时拨付给项目实施单位；用于建房买车、出借转移资金或虚报冒领的，除对挤占、挪用的资金要追回收缴外，按照《暂行规定》第七条规定，对单位予以警告并处以罚款，同时建议有关部门不再安排该地区的计划任务。
十四、对贪污、渎职造成退耕还林还草资金损失浪费问题的处理
各地审计机关在审计过程中发现涉嫌贪污退耕还林还草专项资金，或因渎职造成国有资产流失的，要按照《最高人民检察院、
审计署关于建立案件移送和加强工作协作配合制度的通知》（审法发〔２０００〕３０号）第
二条规定，将《审计机关移送处理书》及有关证据移送检察机关。
十五、对由于种植经济林和生态林比例失调，种苗费发放达不到每亩５０元补助标准的，或退耕户每亩５０元种苗费不足问题的处理
１９９９－２０００年完成试点任务的地区，种苗费按每亩５０元的标准，以县为单位核算，如有结余，应发放给退耕农户；对由于种植经济林和生态林比例失调，造成退耕户每年每亩５０元种苗费不足的，应按《意见》规定，由各地自行解决，不得抵扣退耕户每年每亩２０元的生活补助。
十六、对项目单位不按批准的实施方案、作业设计进行施工，导致种苗成活率低，撂荒等问题的处理
按照《意见》规定，合理确定林种、树种和草种比例，在实施方案、作业设计方面充分建立科技支撑体系，因地制宜，确保林草健康成长。如由于项目单位不按批准的实施方案、作业设计施工，导致树苗成活率低，未完成退耕试点任务的，县级林业主管部门不得发放验收合格证书、不得给予现金补助；凡未取得林业主管部门验收合格证书的，县级粮食部门不得供应补助粮食。对成活率达不到要求的地区，要抓紧进行重植或补植，保证完成退耕还林还草任务。
