第二阶段：调查摸底、自查自纠阶段（２００１年１０月１１日至１２月２０日）
对属清理整顿范围内的农业开发用地流转情况逐宗调查摸底、实地核实，统一登记造册，建立宗地档案，并将调查摸底情况汇总上报省国土环境资源厅、省农业厅。
第三阶段：逐宗处置、整顿规范阶段（２００１年１２月２１日至２００２年２月２８日）
处置工作坚持边清理边处置的原则。各市、县在调查摸底的基础上，按照有关法律法规的规定，对清查中发现的问题逐宗进行分类处理。
第四阶段：整章建制、检查验收阶段（２０００年３月１日至３月２０日）
各市、县针对存在的主要问题，制订相应的规章制度，规范农村土地管理。同时，市、县政府完成汇总统计，并将工作总结上报省国土环境资源厅。
三、组织领导和工作分工
（一）成立由省政府分管领导任组长，省政府办公厅以及省国土、农业、计划、监察、法院、海洋与渔业、林业、农垦、宣传等有关部门领导为主要成员的省清理整顿农业用地流转工作领导小组，负责领导清理整顿工作。领导小组下设办公室（在省国土环境资源厅），由省国土、农业、计划、监察、法院、海洋与渔业、林业、农垦等有关部门抽调工作人员组成，具体负责清理整顿的监督、指导和检查验收工作。
（二）各市、县政府成立以分管副市长、县长任组长，有关部门领导参加的领导小组，抽调有关部门业务骨干组成办公室，负责辖区内整顿和规范专项工作的组织领导、监督检查，并组织逐宗落实处理方案；乡、镇政府负责所辖范围内各类农业开发用地的调查摸底、实地核实和分类统计工作。工作经费由市、县财政专项拨付。
（三）各级农业、土地等有关部门负责监督指导清理整顿的业务工作。属国有农业开发用地及集体所有土地以土地使用权出让方式用于农业开发的，由土地管理目，应先由市、县土地、农业部门根据土地利用总体规划选址，然后由开发商在可行性论证的基础上，制定项目开发规划，经市、县土地、农业部门审核同意后，作为项目用地审批的依据。用地选址生态敏感区域、连片６６．６６公顷以上的垦荒项目，以及面积６．６６公顷以上的高位池养殖项目，应进行环境影响评价，编制环境影响报告书；面积６．６６公顷以下的高位池养殖项目，应编制环境影响报告表。
４．加大土地执法监察力度。按《
中华人民共和国土地管理法》的规定，各级纪检、监察、司法部门要加大查处重大典型案件力度，依法追究有关当事人和责任人的法律责任，继续加强警示教育。
